3d Slicer在windows和linux系统上的编译介绍

Posted 2021-07-03 inter_peng

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1. 前言

3d Slicer是一个主要用于医学影像的可视化和计算分析开源软件，支持所有针对数据的通用操作，如分割，配准，重建，转换，定性分析等。

3d Slicer也是一个软件研究平台，允许研究人员快速地开发和评估新算法，并且将它们发布到用户。

3d Slicer也是一个产品开发平台，允许企业快速地验证产品原型，并且将发布产品到用户。开发者可以将精力集中在开发新的算法上面，而无需再花费时间，重新开发一些基本的图像导入/导出，可视化，交互等模块。它可以被高度地定制化。

它是完全免费，而且在如何使用上面没有任何限制。

2. 3d Slicer的编译介绍

2.1 windows 10平台编译

2.2 linux(ubuntu 18.04)平台编译

官方指导文档: https://slicer.readthedocs.io/en/latest/developer_guide/build_instructions/linux.html
官方建议是在Ubuntu 20.04 (Focal Fossa)上面编译3d Slicer.
由于本机的Ubuntu是18.04的，所以这里介绍在18.04上面编译3d Slicer遇到的问题和解决过程。

要想编译3d Slicer, 需要在本机安装依赖的库和相关的工具。
由于Slicer需要依赖的库非常多，没有办法直接把这些库都放在源码中。因此，Slicer在编译的过程中，会自动去相应的库下载源代码并且编译。因此，需要依赖git, gcc。Slicer的界面，则是依赖于QT开发，因此也需要安装QT以及相关的库。

官网给出了如下的安装依赖的指令：

sudo apt update && sudo apt install git subversion build-essential cmake cmake-curses-gui cmake-qt-gui \\
  qt5-default qtmultimedia5-dev qttools5-dev libqt5xmlpatterns5-dev libqt5svg5-dev qtwebengine5-dev qtscript5-dev \\
  qtbase5-private-dev libqt5x11extras5-dev libxt-dev

报错1:
运行上述指令时会报错。
报错的主要原因是，在执行 sudo apt update时造成的。
https://www.omgubuntu.co.uk/2017/08/fix-google-gpg-key-linux-repository-error
https://www.google.com/linuxrepositories/
根据以上的链接，更新key后，sudo apt update, 就可以成功运行了。
然后再次运行上面的指令，就可以成功地安装相关的依赖了。

接下来，按照官网的描述，下载3d Slicer的源码。

git clone git://github.com/Slicer/Slicer.git

此时会自动创建一个名称为Slicer的文件夹，里面就是Slicer的源代码。
然后就是根据官网的描述，运行其中的脚本，来配置开发环境。

cd Slicer
./Utilities/SetupForDevelopment.sh
cd ..

然后就是，新建一个目录，用于存放编译后的文件和解决方案。相关的指令如下：

mkdir Slicer-SuperBuild-Debug
cd Slicer-SuperBuild-Debug
cmake ../Slicer

这里由于是编译Debug版本，因此创建的文件夹名称为: Slicer-SuperBuild-Debug.
通过运行cmake指令，可以生成相应的项目依赖和makefile. 然后再运行make指令，就可以开始编译项目了。为了能够应用多核的优势，官网建议编译的时候，选择的并行编译进程数，为cpu核数+1.
我在编译的时候，选择的是9. 因此，我的编译指令如下：

make -j8