使用3D Slicer对图像进行配准

Posted 2021-02-12 zhhfan

在进行深度学习之前，我们需要图像进行一些预处理操作，其中配准是很重要的一环，以下将介绍使用软件3D Slicer来进行图像配准

3D Slicer是（1）一个软件平台，用以图像分析（包括配准和实时编辑），图像可视化以及图像引导治疗；（2）是一个免费、开源软件，并适用于Linux、MacOSX和windows操作系统；（3）拥有强大的可扩展性，可以通过模块嵌入方式来增加新的功能和应用。3D slicer的主要特征有：（1）适用于从头到脚的各个组织器官；（2）兼容MRI、CT、US（超声）、核医学以及显微镜下的影像；（3）拥有双向可交互性

准备

1. 3D Slicer下载
下载链接

安装过程不予累述，注意如果有独显的话，打开该软件的时候，右击鼠标，选择用图形处理器运行，不然会使用CPU运行，会比较卡

安装及加载文件教程

2. 获取两组dicom文件

3. 获取module -- Elastix

点击view，选择Extension Manager。搜索Elastix，安装SlicerElastix

配准

1. 将两组需要配准的dicom文件拉入软甲所在位置，根据提示框将两组文件都进行加载

2. 点击搜索框，选择Elastix
   

3. 在Inputs框，依次选择配准的文件，其中Fixed volume表示配准的基准，Moving volums表示待配准的文件
   

4. 选择配准之后输出的名字
   

5. 点击Apply等待即可

结果

1. 点击data，可看见左侧中间部分显示原文件和配准结果文件，点击即可查看
   

2. 保存文件，点击save即可保存，同时可以保存多种格式