GSEA详细解释及结果解读

Posted 2023-04-08

参考技术A Gene Set Enrichment Analysis (基因集富集分析)用来评估一个预先定义的基因集的基因在与表型相关度排序的基因表中的分布趋势，从而判断其对表型的贡献。其输入数据包含两部分：已知功能的基因集 (可以是GO注释、MsigDB的注释或其它符合格式的基因集定义)；表达矩阵 (也可以是排序好的列表)。

软件会对基因根据其与表型的关联度(可以理解为表达值的变化)从大到小排序，然后判断基因集内每条注释下的基因是否富集于表型相关度排序后基因表的上部或下部，从而判断此基因集内基因的协同变化对表型变化的影响。

GSEA分析结果如下表

GSEA可视化结果如下图

下图展示了clusterProfiler包GSEA分析可视化结果，Count为核心基因的数目，GeneRatio为Count与setSize的比值，Y轴为基因集Description。

R回归模型输出结果详细解读：summarycallresidualsCoefficientsAssessing Model Fit

R回归模型输出结果详细解读：summary、call、residuals、Coefficients、Assessing Model Fit

目录

R回归模型输出结果详细解读：summary、call、residuals、Coefficients、Assessing Model Fit