Gephi绘制微生物网络图

Posted 2022-04-18 一碗琼玉粥

1 软件下载

链接：https://pan.baidu.com/s/1AdfqBaJVhTOVnNMT_DglRw 
提取码：l8ne

需要注意的是，本软件的运行像Cytoscape一样也依赖JAVA，如果你的电脑没有安装较新版本的JRE，可以到官网下载安装。

JRE安装包链接：https://www.java.com/zh_CN/download/

2 数据准备与导入

2.1 软件所需数据介绍

类似于Cytoscape，网络图的数据一般有两个：边文件和点文件。

边文件edgeex.csv，如下图，主要是由成对的节点Id构成，Sourse和Target两个点连成一条线（边），边文件中也可以加入边的描述信息，比如边的id、作用类型、权重等。

点文件nodeex.csv，主要是对边文件中的“点”进行描述，是点的属性文件，如下，可添加点的分组信息用于网络图的可视化。

如果大家担心自己准备数据可能会有问题，可参考我这里的表头，你的数据复制到我的文件里即可（在网盘里的edgeex.csv和nodeex.csv文件），没有数据的列，可以空着，最后另存成csv格式（逗号分隔）的文本文件。当然，Excel格式、制表符分隔的文本文件也是支持的，避免最后显示出错，这里仍推荐csv格式。

2.2 数据准备

2.2.1用R分析数据或基迪奥在线分析数据

如2.1所述，绘制网络图我们需要两个文件，edgeex.csv文件和nodeex.csv文件

首先，我们把需要做好数据分析，这里使用基迪奥平台的组内相关性分析工具。

OmicShare Tools - 基迪奥生信云工具https://www.omicshare.com/tools/Home/Soft/ica

（组间分析的数据在基迪奥的微生物数据包\\16s\\result**\\result\\02.OTUanalysis\\taxa_abundance\\Absolute中，具体选择哪个要看你要分析们水平还是属水平了。在按照基迪奥平台数据模板上传数据之前我这里把细菌名称改为了n+数字的形式，以便编辑后面的nodeex.csv文件。）

 如下如所示，需要注意计算向量为row，然后点提交。

 项目完成后点击操作下方下载图标下载文件，解压文件。

2.2.2准备两个数据文件

解压文件后打开all.cor_pvalue.list.xls文件

准备edgeex.csv文件

Var1列、Var2列和cor数值对应edgeex.csv边文件中的Source列、Target列和Weight列的数值。，格式如下图。

准备nodeex.csv文件，格式如下图。

 备注：在填写Label和taxonomy列时可以参基迪奥给的数据包的16s\\result**\\result\\02.OTUanalysis\\taxa_abundance\\Absolute的文件，这里我选的是.g.属水平的文件表格，找到最后一列，：p*********：这一段就是这个属水平的菌所属的门。

如果你分析的数据太多，可以采用以下办法提取出来。全选这里一列——选择数据中的分列——选下一步。

勾选其他，输入英文符号“；”，然后点击完成。

 得出界门纲目科属列，接下来使用替换功能一次性删除”p__“，这样完整的微生物所属的门就可以一次性复制了。

2.3 导入数据

接下来，打开软件，选择文件——导入电子表格，导入边文件表格edgeex.csv边文件表格。 

在弹出的窗口中，如下，直接点Next按钮。

 接着，一些没有数据的空列可取消勾选，点完成按钮。

新弹窗点OK。

接着，用同样的操作导入点文件表格node.csv，最后一步要注意的是，把点文件信息导入当前workspace中，如下。

接着在统计选项卡下计算一下网络的属性信息，比如，平均度（Average degree）和模块化指数（Modularity），点击红框的运行，会有弹窗，关闭即可，如下。

3 调整外观

调整颜色

 调整形状布局：这里我选择的是Fruchterman Reingold预设布局，点击运行，或者停止。

 

调整节点大小：选择大小图标——选择Ranking——Modularity Class———设置最小最大值，最后点击应用。

导出文件