如何用linux语言抽取fasta文件中部分样品序列

Posted 2023-05-07

参考技术A 我只知道fstab 在/etc 这个是关键文件 所有系统都有 指定系统存储的

你只能修改它 不用创建它 改不好系统就完蛋了 。。。

如何用 sysdig 监控和排查 Linux 服务器

如果你需要跟踪一个进程发出和接收的系统调用，第一个想到是的什么？你很可能想到了 strace，你是对的。 从命令行监控原始网络通信你会用什么工具？如果你想到了 tcpdump，你又做了明智的决定。如果你碰巧需要跟踪打开的文件（换句 Unix 语言来讲就是：一切皆文件），很可能你会用 lsof。

strace、tcpdump 和 lsof 确实了不起的工具，应该是每个系统管理员工具箱里的一部分。这恰恰是你会喜欢 sysdig 的原因，一个强大的系统级[探索]和调试工具，开源的，并且被创始人称作“strace + tcpdump + lsof ，顶上浇了带有 Lua 樱桃的美妙酱汁”。好吧，先把幽默放一边，sysdig 的一个很棒的特性在于，它不仅能够分析Linux 系统的 “现场”状态，还能够把系统状态保存到一个转储文件以用于离线检测。而且，你可以用内置（或者自己编写）的小脚本 —— 名为“chisels（凿子）” —— 来定制 sysdig 的行为甚至增强 sysdig 的能力。各种 chisels 都以各自不同的脚本特性来分析 sysdig 捕获的事件流。

在本教程里，我们将研究 sysdig 在 Linux 上的安装和基本的系统监控和调试用法。

安装Sysdig

为了简单、明了和Linux发行版无关方面的考虑，本教程选择官网描述的自动安装流程，安装脚本自动探查操作系统并安装必要的依赖包。

以 root 身份运行如下指令，从官方 apt/yum 源安装 sysdig。
curl -s http://s3.amazonaws.com/download.draios.com/stable/install-sysdig | bash
安装完成后，我们可以像这样运行 sysdig，来感受一下。
sysdig
屏幕上立刻充斥这系统内发生的一切信息，我们没办法利用这些信息，所以我们应该运行：
sysdig -cl | less
来查看已有的 chisels 列表：

to_see_a_list_of_available_chisels_15334678610_e5956a26e8_z

下列类别是默认可用的，每一类都有多个内置的 chisels。
CPU
Usage CPU 使用情况

Errors
错误

I/O

输入/输出

Logs
日志

Misc
杂项

Net
网络

Performance
性能

Security
安全

System
State 系统状态
显示一个特定chisel的信息（含详细的命令行用法），运行：
sysdig -cl [chisel_name]
比如，查看“Net”类别下的 spy_port chisel，可以运行：
sysdig -i spy_port
sysdig_i_spy_port_15521424095_0365bf20c3_z

chisel 可以跟过滤器结合以便获得更有用的输出内容，过滤器可以用于现场数据也可以用于跟踪文件。
过滤器遵循“类别.字段”的结构，比如：

fd.cip: 客户端 IP 地址
evt.dir: 事件方向，可以是 ‘>’，代表进入事件；或 ‘<’，代表退出事件。
下面的命令显示所有的过滤器：
sysdig -l
在剩下的教程里，我将演示一些 sysdig 的用例。

Sysdig 示例：服务器性能调试

假设你的服务器遇到性能问题（比如无反应或严重的反应延迟），你可以用 bottlenecks chisel 来显示此时最慢的 10 个系统调用。

下面的命令可以在运行中的服务器上实时做检测。“-c” 标记后面跟着 chisel名，是告诉 sysidg 运行指定的 chisel。
sysdig -c bottlenecks
或者，你可以执行离线服务器性能分析。这种情况下，你可以把完整的 sysdig 跟踪数据保存到一个文件里，然后对跟踪文件运行 bottlenecks chisel ，方法如下：

首先，保存 sysdig 跟踪文件（用 Ctrl+c 终止数据收集）：
sysdig -w trace.scap
收集完跟踪数据，用如下命令就可以检查跟踪期间最慢的系统调用：
sysdig -r trace.scap -c bottlenecks
sysdig_r_trace.scap_c_bottlenecks_15334678670_ebbe93265e_z

需要注意 #2 #3 和 #4 列，它们分别代表执行时间、进程名和 PID。

Sysdig 示例：监控用户行为

假设你作为系统管理员想要监控系统的用户行为（比如，用户在命令行敲了什么指令、进入了哪些目录），那么 spy_user chisel 就派上用场了。

我们首先用一些额外选项来收集 sysdig 跟踪文件：

sysdig -s 4096 -z -w /mnt/sysdig/$(hostname).scap.gz

 "-s 4096" 

告诉sysdig 对每个事件捕捉4096个字节。

"-z"

（跟 -w 一起使用）压缩跟踪文件。

"-w

<trace-file>"
保存 sysdig 跟踪数据到指定文件。
在上面的例子里，我们给压缩的跟踪文件按照主机名来命名。记住，你可以在任何时候敲Ctrl + c终止 sysdig 的运行。

我们采集了足够多的数据后，可以用如下指令查看系统内每个用户的交互行为：
sysdig -r /mnt/sysdig/debian.scap.gz -c spy_users
sysdig_r_mnt_sysdig_debian.scap.gz_c_spy_users_15518254291_5c9671ca41_z

上面的输出里，第一列代表与用户活动相关的进程PID。

如果你想把目标指向一个特定用户，并只监控该用户的活动该怎么办呢？你可以通过用户名来过滤 spy_users chisel 的结果:
sysdig -r /mnt/sysdig/debian.scap.gz -c spy_users "user.name=xmodulo"
sysdig_r_mnt_sysdig_debian.scap.gz_c_spy_users_user.name=xmodulo_15498248556_66d15422b1_z

Sysdig 示例：监控文件I/O

我们可以用 “-p” 标记来定制 sysdig 跟踪的输出格式，在双引号内包含所需的字段（比如： 用户名、进程名以及文件或套接字名）。在下面的例子里，我们创建一个跟踪文件，只包括对 home 目录的写入事件（过后我们可以用”sysdig -r writetrace.scap.gz” 来查看）。
sysdig -p "%user.name %proc.name %fd.name" "evt.type=write and fd.name contains /home/" -z -w writetrace.scap.gz
sysdig_p_15498248586_de5f5fc93d_z

Sysdig 示例：监控网络I/O

作为服务器调试的一部分，你可能需要窥探网络流量，而这一般都是用 tcpdump。用 sysdig 呢，流量嗅探同样很容易，而且方式更加用户友好。

例如，你可以查看服务器的某个特定进程（比如 apache2）与一个特定 IP 地址的数据交换（ASCII形式）:
sysdig -s 4096 -A -c echo_fds fd.cip=192.168.0.100 -r /mnt/sysdig/debian.scap.gz proc.name=apache2
如果你想监控原始数据传输（二进制形式），把 “-A” 改为 “-X”。
sysdig -s 4096 -X -c echo_fds fd.cip=192.168.0.100 -r /mnt/sysdig/debian.scap.gz proc.name=apache2
想要更多的信息、示例和案例研究可以登录项目官网。相信我，sysdig 拥有无限的可能性。别光听我说，现在就安装 sysdig，开始挖掘吧！

参考官网
https://www.ibm.com/developerworks/cn/linux/1607_caoyq_sysdig/index.html