使用R语言将fasta转phylip格式

Posted 2023-05-16

参考技术A 使用paml软件里的mcmctree功能需要phylip格式的比对结果,找了以下,发现用R包phylotools转化最方便，另外提醒一下要用mcmctree的朋友，我发现mcmctree的序列名字长度不能超过50个字符，如果超出的话，建议先改名字再转化。

先安装依赖的包（要先装BioConductor）：

假设fasta文件名为: aligned_fasta.fasta 读取fasta文件，转化：

结果文件为out.phy
注意:生成out.phy里,第一列序列名和第二列序列只有一个空格,而mcmctree要求两个以上,所以需要人工加多一个空格.

也可以用shell命令生成:

R语言factor类型转numeric

　　R 语言中为了进行数据分析，比如回归分析，这时候对于数据表格中的factor类型的数据会带来弊端，比如对因子的每一个数据都进行一次回归，这样就显得很复杂，且违背了我们的初衷，需要把factor转换为numeric格式。

　　factor不能直接转换为numeric格式，它会按照因子的大小顺序依次取值1,2,3......

　　想要正确转换为对应的数值，可以先把factor转换为character格式，然后再转换为numeric，就可以正确显示数值

 

> data<- read.csv(‘breast_cancer.csv‘);
> class(data$x6);  # 这时候为factor
[1] "factor"
> # 然后转换factor为numeric
> data$x6<-as.numeric(as.character(data$x6));
> class(data$x6);  # 这时候为numeric
[1] "numeric"

　　另外需要注意的是，如果你的数据中包含NA值或者其他错误类型的值，那么转换为character类型会产生报错，需要先删去所有错误类型的值，方法详见另一篇博客  https://www.cnblogs.com/zhaoke271828/p/12892718.html

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