可视化应用实战案例：绘制交互式+pdf+png等多格式桑基图

Posted 2022-02-03 文宇肃然

写在前面

桑基图挺好看的，用于观察不同门类之间的从属关系，并且绘制很漂亮的结构图，当然可以用于很多个地方。这里我们用微生物组数据的phyloseq对象，很快很方便的为大家构建一个桑基图。所以如果你有phyloseq对象直接来试试吧。

实战

导入需要R包

library(ggClusterNet)
library(tidyverse)
library(phyloseq)
library(tidyverse)
library(viridis)
library(patchwork)
library(networkD3)
data(ps)

我们将微生物数据按照属水平合并，然后取前五十个丰度最高的属，然后去除Unassigned”) %>%  vegan_tax() %>%的微生物。注意这几个函数存在于ggClusterNet中，注意下载安装。

tax = ps %>% 
  ggClusterNet::tax_glom_wt(ranks = 6) %>%
  filter_OTU_ps(50) %>%
  subset_taxa(Genus  != "Unassigned") %>%
  vegan_tax() %>%
  as.data.frame()
head(tax)

构建连接，一个源—-一个目标。标记一下不同分类等级的标签。

id2 = c("k","p","c","o","f","g")
dat = NULL
for (i in 1:5) 
  dat <- tax[,c(i,i+1)] %>% distinct(.keep_all = TRUE) 
  colnames(dat) = c("so