sh 生成示例文件#fastq

Posted 2021-05-07

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篇首语：本文由小常识网(cha138.com)小编为大家整理，主要介绍了sh 生成示例文件#fastq相关的知识，希望对你有一定的参考价值。


# Generate Individual File
paste <(find * -type f -name '*1.fq.gz') <(find * -type f -name '*2.fq.gz' ) <(find * -type f -name '*1.fq.gz' | cut -f 1 -d '/' | cut -f 1,2,3 -d '-') <(find * -type f -name '*1.fq.gz' | cut -f 1 -d '/' | cut -f 2 -d '-') <(find * -type f -name '*1.fq.gz' | cut -f 1 -d '/' |  cut -f 1,2,3 -d '-') <(find * -type f -name '*1.fq.gz' | cut -f 1 -d '/' |  cut -f 1,2,3 -d '-') 
# Generate Sample File
paste <(find * -type f -name '*1.fq.gz') <(find * -type f -name '*2.fq.gz' ) <(find * -type f -name '*1.fq.gz' | cut -f 1 -d '/' | cut -f 1,2,3 -d '-') <(find * -type f -name '*1.fq.gz' | cut -f 1 -d '/' | cut -f 2 -d '-') <(find * -type f -name '*1.fq.gz' | cut -f 1 -d '/' | cut -f 3 -d '-') <(find * -type f -name '*1.fq.gz' | cut -f 1 -d '/' | cut -f 3 -d '-')

以上是关于sh 生成示例文件#fastq的主要内容，如果未能解决你的问题，请参考以下文章

弗雷塞斯从生物学到生物信息学到机器学习转录组入门：了解fastq测序数据

使用 scikit-bio 读取 fastq 的最快方法