如何使用 Matplotlib 可视化标量 2D 数据?

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【中文标题】如何使用 Matplotlib 可视化标量 2D 数据?【英文标题】:How to visualize scalar 2D data with Matplotlib? 【发布时间】:2011-07-04 21:38:35 【问题描述】:

所以我有一个网格(矩阵 X 和 Y)以及标量数据(矩阵 Z),我需要将其可视化。最好是一些 2D 图像,在显示 Z 值的点处具有颜色。 我做了一些研究,但没有找到任何符合我想要的东西。

pyplot.imshow(Z) 看起来不错,但它不带我的 X 和 Y 矩阵,所以轴是错误的,它无法处理 X 和 Y 给出的非线性间隔点。

pyplot.pcolor(X,Y,Z) 使用与其中一个角的数据相对应的颜色制作彩色正方形,因此它有点歪曲数据(它应该在其中心或其他地方显示数据)。此外,它忽略了数据矩阵中的两条边。

我很确定在 Matplotlib 的某个地方一定存在一些更好的方法,但是文档很难获得概述。所以我问其他人是否知道更好的方法。如果它允许我刷新矩阵 Z 以制作动画,则奖励。

【问题讨论】:

【参考方案1】:

这看起来不错,但效率低:

from pylab import *
origin = 'lower'

delta = 0.025

x = y = arange(-3.0, 3.01, delta)
X, Y = meshgrid(x, y)
Z1 = bivariate_normal(X, Y, 1.0, 1.0, 0.0, 0.0)
Z2 = bivariate_normal(X, Y, 1.5, 0.5, 1, 1)
Z = 10 * (Z1 - Z2)

nr, nc = Z.shape

CS = contourf(
    X, Y, Z,
    levels = linspace(Z.min(), Z.max(), len(x)),
    ls = '-',
    cmap=cm.bone,
    origin=origin)

CS1 = contour(
    CS,
    levels = linspace(Z.min(), Z.max(), len(x)),
    ls = '-',
    cmap=cm.bone,
    origin=origin)

show()

是我,我会重新插入(使用 scipy.interpolate)数据到常规网格并使用 imshow(),设置范围以固定轴。

编辑(每条评论):

等高线图的动画可以像这样完成,但是,就像我说的那样,上面的方法效率很低,只是简单地滥用了等高线图功能。做你想做的最有效的方法是使用 SciPy。你安装了吗?

import matplotlib
matplotlib.use('TkAgg') # do this before importing pylab
import time
import matplotlib.pyplot as plt

fig = plt.figure()
ax = fig.add_subplot(111)

def animate():
    origin = 'lower'
    delta = 0.025

    x = y = arange(-3.0, 3.01, delta)
    X, Y = meshgrid(x, y)
    Z1 = bivariate_normal(X, Y, 1.0, 1.0, 0.0, 0.0)
    Z2 = bivariate_normal(X, Y, 1.5, 0.5, 1, 1)
    Z = 10 * (Z1 - Z2)

    CS1 = ax.contourf(
        X, Y, Z,
        levels = linspace(Z.min(), Z.max(), 10),
        cmap=cm.bone,
        origin=origin)

    for i in range(10):
        tempCS1 = contourf(
            X, Y, Z,
            levels = linspace(Z.min(), Z.max(), 10),
            cmap=cm.bone,
            origin=origin)
        del tempCS1
        fig.canvas.draw()
        time.sleep(0.1)
        Z += x/10

win = fig.canvas.manager.window
fig.canvas.manager.window.after(100, animate)
plt.show()

【讨论】:

谢谢。是否可以更新此 CS 对象中的数据,以便循环制作某种动画? 是的,我有 Scipy。但我认为 Scipy 使用 Matplotlib 进行所有绘图。它是否也有自己独立的绘图功能? @Eskil:我建议(在我的回答中)使用 scipy 的 interpoate 函数从不规则矩形网格中获取规则矩形网格,然后使用 imshow() 进行更有效的绘图。也就是说,如果您遇到当前解决方案速度慢或效率低的问题。 啊,是的,我应该更仔细地阅读。感谢您的详尽回答。 如果我在循环之前做一个 fig.colorbar(CS1),这个颜色条对新的轮廓是否正确?至少只要我保持“级别”数组不变?【参考方案2】:

如果您的网格网格具有统一间距,您可以继续使用pcolor,但只需移动 X 和 Y,以便将数据集中在特定值而不是角落。

您还可以使用散点图将一些大小的点明确放置在确切的 X 和 Y 点上,然后将颜色设置为 Z:

x = numpy.arange(10)
y = numpy.arange(10)
X,Y = numpy.meshgrid(x,y)
Z = numpy.arange(100).reshape((10,10))
scatter(X,Y,c=Z,marker='s',s=1500) 
#I picked a marker size that basically overlapped the symbols at the edges
axis('equal')

或:

pcolor(X+0.5,Y+0.5,Z)
axis('equal')

或者按照 Paul 的建议,使用轮廓函数之一

【讨论】:

【参考方案3】:

如果有人在这篇文章中寻找我正在寻找的内容,我将使用上面的示例并将其修改为使用带有帧输入堆栈的 imshow,而不是动态生成和使用轮廓。从名为frames 的形状(nBins、nBins、nBins)图像的 3D 数组开始。

def animate_frames(frames):
    nBins   = frames.shape[0]
    frame   = frames[0]
    tempCS1 = plt.imshow(frame, cmap=plt.cm.gray)
    for k in range(nBins):
        frame   = frames[k]
        tempCS1 = plt.imshow(frame, cmap=plt.cm.gray)
        del tempCS1
        fig.canvas.draw()
        #time.sleep(1e-2) #unnecessary, but useful
        fig.clf()

fig = plt.figure()
ax  = fig.add_subplot(111)

win = fig.canvas.manager.window
fig.canvas.manager.window.after(100, animate_frames, frames)

我还找到了一种更简单的方法来完成整个过程,尽管不太健壮:

fig = plt.figure()

for k in range(nBins):
    plt.clf()
    plt.imshow(frames[k],cmap=plt.cm.gray)
    fig.canvas.draw()
    time.sleep(1e-6) #unnecessary, but useful

请注意,这两个似乎都只适用于ipython --pylab=tk,也就是backend = TkAgg

感谢您对一切的帮助。

【讨论】:

【参考方案4】:

以下函数在边界处创建一半大小的框(如附图所示)。

import matplotlib.pyplot as plt
import numpy as np
from scipy.ndimage.filters import convolve

def pcolor_all(X, Y, C, **kwargs):
    X = np.concatenate([X[0:1,:], X], axis=0)
    X = np.concatenate([X[:,0:1], X], axis=1)

    Y = np.concatenate([Y[0:1,:], Y], axis=0)
    Y = np.concatenate([Y[:,0:1], Y], axis=1)

    X = convolve(X, [[1,1],[1,1]])/4
    Y = convolve(Y, [[1,1],[1,1]])/4

    plt.pcolor(X, Y, C, **kwargs)

X, Y = np.meshgrid(
    [-1,-0.5,0,0.5,1],
    [-2,-1,0,1,2])

C = X**2-Y**2

plt.figure(figsize=(4,4))

pcolor_all(X, Y, C, cmap='gray')

plt.savefig('plot.png')

【讨论】:

以上是关于如何使用 Matplotlib 可视化标量 2D 数据?的主要内容,如果未能解决你的问题,请参考以下文章

python 使用matplotlib进行2D和3D地标可视化

matplotlib 笔记 imshow

Python 可视化工具 Matplotlib

怎样用python进行数据可视化

matplotlib的基本使用

Python数据可视化利器Matplotlib从入门到高级4