使用 conda 构建和安装本地或自定义 R 包

Posted 2023-02-16

【中文标题】使用 conda 构建和安装本地或自定义 R 包

【英文标题】：Using conda to build and install local or custom R package

【发布时间】：2021-06-15 12:21:31

【问题描述】：

我想将本地 R 包安装到 conda 环境中。该软件包不在 CRAN 或 github 上（也不在任何 conda 频道上）。 对于 CRAN 上的包，这相对简单：

conda skeleton cran <pckg>
conda-build r-<pckg>
conda install --use-local r-<pcgk>

对于 github 上的包，这同样适用：install R package from github using "conda"（除了一些需要标签的版本问题）。

conda skeleton cran <url>/<pcgk>
conda-build r-<pckg>
conda install --use-local r-<pcgk>

但是，我不能让它与本地包一起使用（使用R CMD build 构建包没有问题）。这是我尝试过的：

conda skeleton cran <path>/<pcgk>

连接到 cran，然后（当然）找不到包。

conda skeleton cran --cran-url  <relative_path>/<pckg> <pckg>

抛出错误：

requests.exceptions.MissingSchema: Invalid URL '<relative_path>/<pckg>/src/contrib/': No schema supplied. Perhaps you meant http://<relative_path>/<pckg>/src/contrib/? 

conda skeleton cran <absolute_path>/<pckg> <pckg>

投掷：

File "/home/myuser/.conda/envs/myenv/lib/python3.9/site-packages/conda_build/skeletons/cran.py", line 743, in package_to_inputs_dict
    pkg_name = re.match(r'(.*)_(.*)', pkg_filename).group(1).lower()
AttributeError: 'NoneType' object has no attribute 'group'

最后：

conda skeleton cran --cran-url  <absolute_path>/<pckg> <pckg>

投掷：

 File "/home/myuser/.conda/envs/myenv/lib/python3.9/site-packages/requests/sessions.py", line 742, in get_adapter
    raise InvalidSchema("No connection adapters were found for !r".format(url))
requests.exceptions.InvalidSchema: No connection adapters were found for '<absolute path>/<pckg>/src/contrib/'

这对 conda 来说是不可能的吗？还是我搞错了？

Here有人尝试自己编写本地包的骨架文件，但似乎没有成功。

【参考方案1】：

如果您可以将您的 R 包上传到您的私有 github 存储库，那么您可以继续使用常见的conda skeleton cran <github_pckg_http_or_ssh>。

conda 会询问（我认为是 git 内部）您的密码以检索代码。