如何设置安装了 conda 的 R 以与 RStudio 一起使用？

Posted 2023-02-24

【中文标题】如何设置安装了 conda 的 R 以与 RStudio 一起使用？

【英文标题】：How to set up conda-installed R for use with RStudio?

【发布时间】：2016-11-26 19:49:21

【问题描述】：

我一直在尝试使用conda 设置我的R（最终与Beaker Notebook 一起使用），并且我希望能够将RStudio 与我安装了conda 的R 版本一起使用。

我的安装方法R：

conda install -c r r
conda install -c r r-essentials
conda install -c r r-rserve
conda install -c r r-devtools
conda install -c r r-rcurl
conda install -c r r-RJSONIO
conda install -c r r-jpeg
conda install -c r r-png
conda install -c r r-roxygen2
conda install --channel https://conda.anaconda.org/bioconda bioconductor-edger

我运行了那个版本的 R（我只安装了这个版本）

> version
               _                           
platform       x86_64-apple-darwin11.0.0   
arch           x86_64                      
os             darwin11.0.0                
system         x86_64, darwin11.0.0        
status                                     
major          3                           
minor          3.1                         
year           2016                        
month          06                          
day            21                          
svn rev        70800                       
language       R                           
version.string R version 3.3.1 (2016-06-21)
nickname       Bug in Your Hair   

在Jupyter 中运行R 有点麻烦。例如，当它输出错误时，它会输出到stdout，并用换行符分割字符串中的每个字符。我想使用RStudio，但我不想安装另一个版本的R。

如何将我的 conda 版本的 R 路由到 RStudio？

这是我的.bash_profile，不确定这是否有用：

$ cat ~/.bash_profile
# added by Anaconda3 4.0.0 installer
export PATH="/Users/jespinoz/anaconda/bin:$PATH"

export RSTUDIO_WHICH_R=/Users/jespinoz/anaconda/bin/R 

我一直在尝试遵循这些教程，但我迷路了。我真的不太熟悉环境变量之类的东西。

(1)https://support.rstudio.com/hc/en-us/community/posts/207830688-Using-RStudio-with-conda

(2)Launch mac eclipse with environment variables set

当我寻找我的R 时，它指示我：

$ which R
/Users/jespinoz/anaconda/bin/R

但是（1）中的指示使用的是这条非常令人困惑的路径：

/Users/jespinoz/anaconda/lib/R/bin/R

我尝试做这个人所做的并将其添加到我的.bash_profile，但它没有奏效。我什至做了一个.bashrc，但它仍然不起作用（我在添加这些行之后都sourced）

export RSTUDIO_WHICH_R=/Users/jespinoz/anaconda/bin/R

How to tell RStudio to use R version from Anaconda

很遗憾，anaconda 在https://docs.continuum.io/anaconda/ide_integration 中没有这方面的教程

【问题讨论】：

conda activate your-r-env 然后rstudio

【参考方案1】：

从激活的 Conda 环境启动 RStudio

至少对于 Mac OS X，我发现在 shell 会话中激活环境，然后启动 RStudio 就足够了。

$ conda activate my_r_env
$ /Applications/RStudio.app/Contents/MacOS/RStudio

在 R 中，可以验证 R.home() 和 .libPaths() 的值是否指向特定于环境的位置。

这里的优点是您不会固定在环境变量中最后设置的任何内容，例如，通过.bash_profile。相反，一个人可以拥有许多基于 R 的环境并在它们之间切换（或同时运行多个环境），而不会篡改全局设置。

为方便起见建议的别名

也许我可能推荐的唯一全局设置是将rstudio 的别名添加到您的.bash_profile，这样您就不必每次都输入完整路径，例如

alias rstudio='/Applications/RStudio.app/Contents/MacOS/RStudio &'

这使得一个人能够做到

$ conda activate my_r_env
$ rstudio
$

& 使人们能够继续使用 shell，或者关闭它，而不影响 RStudio 实例。

【讨论】：

如果您希望只有一个版本的 Rstudio（与您的设置），但与不同的 conda 环境交互，这是完美的解决方案（无法证明是否适用于其他操作系统）。

适用于 macOS。

【参考方案2】：

见https://anaconda.org/r/rstudio:

$ conda install -c r rstudio

然后从命令行：

$ rstudio

（这是我安装它的方式，它可以工作。）

【讨论】：

事后看来，我应该这样做。我不认为这是我第一次尝试时的选择。至少我们至少有 3 种不同的方法可以让它为人们工作:)

在 Windows 10 和 Anaconda3 上，它只是 conda install rstudio

$ rstudio &，作为守护进程运行

但是：conda 中的 rstudio 未更新。它似乎已经过时了，即 osx 上的 1.1 与现在可用的 1.4。

过时的答案。 正如其他人所提到的，Conda 的 RStudio 没有得到维护，最多只能使用 R 3.6。

【参考方案3】：

更新：Anaconda 发行版现在包含 RStudio 的软件包，因此您应该能够使用它，而无需跳过任何障碍。也可以直接安装Anaconda Navigator。

【讨论】：

我最近在第一次打开anaconda navigator 时看到了这个。我在上面添加了我的解决方案。到目前为止，它一直运行良好。

更新： Anaconda 放弃为 Conda 维护 RStudio 构建，而 Conda Forge is discussing picking it up，没有动力。但是，一旦 RStudio 从 Qt 过渡到 Electron（预计今年夏天会放弃），这可能会改变，因为它应该简化构建。无论如何，关键是 Conda 不可靠地提供 RStudio 构建。

【参考方案4】：

更新：将此添加到 ~/.bash_profile ！

export RSTUDIO_WHICH_R="/Users/jespinoz/anaconda/bin/R"
launchctl setenv RSTUDIO_WHICH_R $RSTUDIO_WHICH_R

感谢@Z-Shiyi 最后一行https://github.com/conda/conda/issues/3316#issuecomment-241246755

---

对@Ray Donnelly 上面所说的内容的补充。基本上，它必须从正确的环境中执行（即从终端运行它）。

您可以：

(A) 把这个放在你的~/.bash_profile export RSTUDIO_WHICH_R=/Users/[yourusername]/anaconda/bin/R（如果你使用 conda 但你可以放任何 R 路径）

(B) 然后在获取它后在终端中输入它（重启终端或执行source .bash_profile）：open -a RStudio 那应该行得通。

或者你可以像我一样做：

(A) 打开自动机（对不起，如果您不在 Mac 上；这只适用于 Mac）

(B) 使用Run Shell Script

(C) 然后删除已经存在的cat 并放入： export RSTUDIO_WHICH_R=/Users/[yourusername]/anaconda/bin/R open -a RStudio

(D) 将其保存为 run_rstudio.app 之类的内容，然后运行它，它应该可以工作：

【讨论】：

从 Anaconda Distribution 的最新 4.3 版本开始，这些都不是必需的。从 Anaconda Navigator 安装和启动 RStudio 应该“正常工作”，并且从终端，只要你正确激活你的环境 (conda.io/docs/using/envs.html)open $CONDA_PREFIX/Applications/RStudio.app 也应该工作。

对标题投了反对票，(1) 对于运行 macOS 11+ 的任何人（很多人）和 (2) 有点讨厌

【参考方案5】：

只要which R 显示一个正常工作的 R 解释器（如果你已经从 conda 安装了 r 包并激活了你的环境，它应该这样做）然后从同一个环境启动 rstudio 应该把它捡起来就好了。

为了测试，我在ArchLinux 上构建并安装了：https://aur.archlinux.org/packages/rstudio-desktop-git/

.. 然后强制删除 R 解释器 (pacman -Rdd r)，然后从 conda (conda install -c r r) 安装 r，它工作正常。然后我关闭了我的终端并打开了一个新终端（以便正确的conda 环境没有被激活并使用以下命令成功启动了 RStudio：RSTUDIO_WHICH_R=/home/ray/r_3_3_1-x64-3.5/bin/R rstudio

我认为关键是从正确的环境启动RStudio？您的~/.bash_profile 和~/.bashrc 仅在您运行bash 时获得。要设置环境变量以便您的桌面环境知道它们，在 Linux 上，您应该将它们放在 ~/.profile 或 /etc/pam.d 中（进行这些更改后您可能需要注销或关闭）和 OS X ，你应该看看https://apple.stackexchange.com/q/57385

【讨论】：

我如何确保rstudio 是从同一个环境启动的？

我不能在默认的 RStudio 安装（从 RStudio 网站下载）中使用 conda R 解释器吗？