在 fortran 中将写入附加到 hdf5 文件

Posted 2023-03-11

【中文标题】在 fortran 中将写入附加到 hdf5 文件

【英文标题】：Appending writes to hdf5 file in fortran

【发布时间】：2021-10-26 17:05:50

【问题描述】：

我想以附加方式将数据写入fortran中的hdf5文件，但我无法将数据保存在大型内存数组中。

使用 ascii 编写时，我可以执行以下操作：

program example1
implicit none
integer :: nu, i
open(filename="someFile.txt", newunit=nu)
do i = 1, 10
   write(nu, *) i
end do
close(nu)
end program example1

我会得到一个文件，其中包含从 1 到 10 的所有整数，但没有声明大小为 10 的一维数组。

我如何在 fortran 中编写一个 HDf5 文件来完全做到这一点，即在同一文件中以相同的数据集名称保存数字，但不保存包含这些数字的数组？

【问题讨论】：

您想使用可扩展数据集。这在 HDF Group 文档中有很好的记录。从这里开始：Extendible Datasets 这里有代码示例：HDF5 Examples from Learning The Basics

这些链接很有帮助——尽管并不简单。谢谢！

【参考方案1】：

您需要创建一个可扩展的数据集，然后在 hyperslab 或点选择的帮助下填充它（否则，之前写入的数据将被覆盖）。使用HDFql，您的用例可以在 Fortran 中解决如下：

PROGRAM Example

      USE HDFql

      CHARACTER :: variable_number
      INTEGER :: state
      INTEGER :: i

      state = hdfql_execute("CREATE AND USE FILE test.h5")
      state = hdfql_execute("CREATE DATASET dset AS INT(0 TO UNLIMITED)")

      WRITE(variable_number, "(I0)") hdfql_variable_register(i)

      DO i = 1, 10
            state = hdfql_execute("ALTER DIMENSION dset TO +1")
            state = hdfql_execute("INSERT INTO dset(-1) VALUES FROM MEMORY " // variable_number)
      END DO

      state = hdfql_variable_unregister(i)
      state = hdfql_execute("CLOSE FILE")

END PROGRAM