如何使用 Fortran API 将字符串数组写入 HDF5 数据集？

Posted 2023-03-11

【中文标题】如何使用 Fortran API 将字符串数组写入 HDF5 数据集？

【英文标题】：How to write string array to a HDF5 dataset with Fortran API?

【发布时间】：2012-11-29 01:44:01

【问题描述】：

一个字符串数组是用fortran语言定义的：

character(len = 20), dimension(5) :: strings = (/"hello", "world", "Hello", "HDF5", "fortran"/)

现在我想使用 HDF5 API 参考文档说明的h5ltmake_dataset_string_f() 接口将该数组保存到数据集中

Fortran90 接口： h5ltmake_dataset_string_f

子程序 h5ltmake_dataset_string_f(loc_id,dset_name,buf,errcode)

    implicit none

整数（HID_T），意图（IN）：：loc_id ！文件或组标识符

字符（LEN=*），意图（IN）：：dset_name ！数据集的名称

字符（LEN=*），意图（IN），维度（:) :: buf ！数据缓冲区

整数 :: 错误码 ！错误代码

结束子程序 h5ltmake_dataset_string_f

下面是我的调用代码

h5ltmake_dataset_string_f(group_id, dset_name, strings, error)

并且在子程序调用之前已经定义了group_id、dset_name和error。

但是当我编译和构建这段代码时，出现编译错误说

h5ltmake_dataset_string_f()：实际参数和虚拟参数都被违反了！

那么如何将字符串写入一个数据集呢？

【参考方案1】：

虽然问题是几年前提出的，但这里有一个解决方案，可以使用 Fortran 将字符串数组（“hello”、“world”、“Hello”、“HDF5”、“fortran”）写入 HDF5 数据集HDFql (http://www.hdfql.com)。发布此内容以防其他人在执行此类操作时发现自己在 HDF5 低级细节方面遇到困难：

PROGRAM Example

    ! use HDFql module (make sure it can be found by the Fortran compiler)
    USE HDFql

    ! declare variables
    CHARACTER(LEN = 20), DIMENSION(5) :: strings = [CHARACTER(LEN = 20) :: "hello", "world", "Hello", "HDF5", "fortran"]
    CHARACTER :: variable_number
    INTEGER :: state

    ! create an HDF file named "example.h5" and use (i.e. open) it
    state = hdfql_execute("CREATE AND USE FILE example.h5")

    ! create a dataset named "my_dataset" of type char (size 20) of one dimension (size 5)
    state = hdfql_execute("CREATE DATASET my_dataset AS CHAR(5, 20)");

    ! register variable "strings" for subsequent use (by HDFql)
    state = hdfql_variable_transient_register(strings)
    WRITE(variable_number, "(I0)") state

    ! insert (i.e. write) content of variable "strings" into dataset "my_dataset"
    state = hdfql_execute("INSERT INTO my_dataset VALUES FROM MEMORY " // variable_number)

END PROGRAM

【讨论】：

目前 Windows 不支持 HDFql 的 fortran API，对吧？

@mikeck：从 2.0.0 版开始，HDFql 通过其英特尔 Fortran 编译器 (IFORT) 包装器支持 Windows 中的 Fortran。

【参考方案2】：

使用 API h5dwrite_f(...)，而不是 h5ltmake_dataset_f() 来写入字符串数组。