BLAST对齐算法的Python实现？ [关闭]

Posted 2023-03-05

【中文标题】BLAST对齐算法的Python实现？ [关闭]

【英文标题】：Python implementation of BLAST alignment algorithm? [closed]

【发布时间】：2011-03-29 14:50:10

【问题描述】：

有人知道 BLAST 对齐的纯 python 实现吗？我正在研究这个算法...

【问题讨论】：

对于我们这些不是计算生物学家的人：en.wikipedia.org/wiki/BLAST

【参考方案1】：

尝试研究 BioPython：

http://biopython.org/

http://github.com/JoaoRodrigues/biopython/tree/GSOC2010

【讨论】：

不，biopython 没有实现 Blast，它调用了必须独立安装的规范 ncbi BLAST 可执行程序

【参考方案2】：

其实BLAST算法的完整实现是相当困难的。它有很多步骤和优化。你可以做的是：看一下 O'Reilly 的 BLAST Book，以获得很好的解释，看一下 NCBI Blast 代码库，它很大而且乍一看很难理解，或者，我建议你看看其他 BLAST 实现，或者可能是其他算法，如 BLAT 和 Genoogle (http://genoogle.pih.bio.br/)