如何学习生物信息学

Posted 2023-04-30

本人自大三就开始做生物信息，现在即将读博士，希望我的经验可以帮助到你。
既然你是想做生物信息学，那么相关背景什么的会了解一些，我在这就不多说了。

首先，确定你自己的背景专业，现在很多学校本科都没有专门的生物信息学专业，都是挂靠在生命学院或者计算机学院的。所以背景专业一般都是生物学或计算机学，不同的专业将来做生信区别会很大。当然，做什么方向和背景专业并没有绝对关系。
如果是生物学背景，那么将来大部分的工作将会是使用专门的生物信息学分析软件。所以难度会降低。自学的话，主要学几下几点就好：
1、一门脚本语言，个人推荐Python（Perl也可以，各有利弊，Python更新兴一些）。
2、Linux系统。这个也不是百分百要求，但是专业的生信人，都是用Linux的，而且很多软件都是不支持Windows的。
3、常用的生物信息学数据库，这里列出几个，NCBI，Ensembl，EBI，GENEbank等等，这些数据库下面还分子数据库，像GEO，GWAS catalog等。当然，还有方向更细的，像miRBase（miRNA数据库）等。
4、R，这也是一种编程语言，但更加侧重结果的展示，实际上也就是画图。
5、常用生信分析软件，这个没必要专门去学，需要用到他们的时候再学也不晚，都是很简单的东西。
如果是计算机背景，那么以后的工作可能主要是算法分析，创造新的生信分析软件，做数据库等。需要自学的就是以上的那些，再加一门工程语言，C，C++，C#，Java都可以。 参考技术A 生物信息学专业好吗
还不错，但是不好就业
生物信息学（Bioinformatics）是在生命科学的研究中，以计算机为工具对生物信息进行储存、检索和分析的科学。它是当今生命科学和自然科学的重大前沿领域之一，同时也将是21世纪自然科学的核心领域之一。其研究重点主要体现在基因组学（Genomics）和蛋白质组学（Proteomics）两方面，具体说就是从核酸和蛋白质序列出发，分析序列中表达的结构功能的生物信息。本回答被提问者采纳

生物信息学流程也可以是perl开发

最近很多生物信息学流程框架出来了，主要是商业公司或者个别爱好者在学习，大部分朋友都还是shell脚本，一步步衔接即可。

不过今天看文章发现还是有人用perl在串流程，非常的眼熟，就推荐一下：

这个流程包含的步骤：

• perform quality control on FastQ files (using FastQC)

• align reads of each sample in a run against reference genome (using STAR) and add read groups (using Picard)

• perform quality control on generated BAM files (using Picard)

• count reads in features (using HTSeq-count)

• normalize read counts (using DESeq)

• calculate RPKMs (using edgeR)

• perform DE analysis for standard designs (using DESeq2)

• variant calling, filtering and annotation

代码超千行，满满的都是回忆：

结尾：