vcftools安装及基础用法

Posted 2023-04-12

参考技术A vcftools是一种可以对VCF文件和BCF文件进行格式转换及过滤的工具，功能非常强大，而且运算速度也很快。

http://vcftools.sourceforge.net/downloads.html

进入压缩包目录，进行解压。

检查安装是否成功

add id.pl拷贝至vcftools/bin目录下
add id.pl是一个老师写的脚本，这里不好直接放上来，所以需要添加id的话，请大家再去查找其他的教程，这里只是我自己做个备份。

max-missing:分型完整度
maf：第二等位基因频率
min-alleles:最小等位基因个数
max-alleles:最大等位基因个数

准备一个samplelist文件，即需要的样本的ID

http://vcftools.sourceforge.net/

第一条染色体上的等位基因频率，注意vcf文件中chr的大小写。
结果中第一列是染色体；第二列SNP位置；第三列是这个位置一共出现了几种碱基，这里是两个；第四列是该位置出现的碱基总数，这里一个样本贡献了两个碱基位点；后面是该位置出现的碱基对应的频率。

结果文件中的第一列是染色体；第二列和第三列是文件1和文件2中SNP位置；第四列中B表示两个文件中都有这个碱基，如果是1则表示只有文件1中有这个碱基，如果是2同理。

Laravel安装及配置，完成基础的demo

 

镜像用法

修改 composer 的全局配置文件（推荐方式）

打开命令行窗口（windows用户）或控制台（Linux、Mac 用户）并执行如下命令：

composer config -g repo.packagist composer https://packagist.phpcomposer.com

 

通过 Composer Create-Project

你还可以在终端中通过 Composer 的 create-project 命令来安装 Laravel 应用：

composer create-project --prefer-dist laravel/laravel blog

　　

JavaScript & CSS 脚手架&用户认证

Laravel 提供的 Bootstrap 和 Vue 脚手架代码位于 laravel/ui 依赖包中，需要通过 Composer 下载安装：

composer require laravel/ui

　　

laravel/ui 包安装完成后，可以使用 Artisan 命令 ui 来初始化前端脚手架：

 

////生成基本的脚手架... 
php artisan ui bootstrap
php artisan ui vue
php artisan ui react

 

　　

//生成登录/注册支架... 
php artisan ui bootstrap --auth 
php artisan ui vue --auth 
php artisan ui react --auth

　　

Laravel 并不强制你使用指定的 JavaScript 框架或库来构建应用，事实上，你也可以完全不使用 JavaScript，不过，Laravel 还是引入了一些基本的脚手架：使用 Vue 库让我们更轻松地编写现代 JavaScript。Vue 提供了优雅的 API 让我们可以通过组件构建强大的 JavaScript 应用。和 CSS 一样，我们可以使用 Laravel Mix 轻松将多个 JavaScript 组件编译到单个 JavaScript 文件。

 

安装前端依赖并编译前端资源

npm install && npm run dev 

最后运行执行数据库迁移生成用户表

 php artisan migrate 　　

此时，功能完备的用户注册登录功能已经完成，在浏览器中访问 http://your-app.test/register 即可看到用户注册界面。