使用IGV简单绘制甲基化分布图

Posted 2023-04-11

参考技术A 废话不多说，直接简单粗暴的开始吧

导入基因组文件：Genomes→load geome from file→选择"reference.fa"文件

导入注释文件：file →load geome from file →选择om"reference.gff"，由于gff文件已经是按坐标顺序排列的，因此不需要重新排序。

这是拿到的结果，标注了甲基化的类型以及所在位点。

IGV导入的数据需要改为IGV格式，建议先学习下IGV文件的格式

可以看到，官网中给了我们IGV文件的格式例子，patient就可以改为不同的甲基化类型，由于IGV格式的文件不支持正负链的标注，所以在转换成IGV格式文件时，我把负链的甲基化值变为负值

最后修改的IGV文件如下（tab分割）：

然后通过file→load from file导入，结果如下图：

接下来，我们可以修改图片的颜色和字体大小，右键点击相应的行即可

点击file→save image即可保存最终图片

易基因-单细胞甲基化测序&单细胞转录组测序

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。

易基因单细胞甲基化测序&单细胞转录组测序

 

高通量单细胞DNA甲基化测序简介

单细胞DNA甲基化组学研究很大程度上受制于建库技术，传统的文库构建方法或类似于基因组DNA的单细胞扩增技术很难应用到甲基化实验过程中。目前单细胞甲基化研究主要受限于检测成本、不同细胞位点检测共有性差异等。

高通量单细胞甲基化scRBS技术指标：

• 起始量：单细胞；
• 高通量：上百成千个单细胞快速高通量甲基化检测；
• 数据量：单细胞1G测序数据；
• 覆盖度：每个单细胞覆盖4-10M的CG位点；
• 重复性：不同单细胞CG位点覆盖重复性可到达50%以上；
• 分辨率高：单碱基分辨率；
• 性价比高：单个细胞检测费用低至千余元。

多个单细胞检测CG位点的重复性高度一致

 

单细胞转录组测序（smart-seq2）简介

Smart-seq2技术在单细胞水平对带Poly（A）的RNA进行全长转录组扩增及高通量测序，能够满足高灵敏度、低偏好性的cDNA扩增，得到全长转录本，实现高水平的序列模板转换。

 

Smart-seq2技术有较好的覆盖范围，可检测到稀有转录本，无需额外的专业设备，应用范围较广，可以解决传统 RNA 定量技术在早期胚胎发育、干细胞、癌症、免疫等研究领域中存在的样品量极低或细胞异质性的问题，是在单细胞水平研究基因表达强有力的工具，极大地拓展了RNA-seq 的应用范围。

 

技术优势：

• 起始量低：1-1000个细胞或10pg-10ng total RNA即可高效扩增；
• 转录本覆盖度高：通过双端引物扩增全长cDNA，获得全转录组信息，避免3’端和5’端偏好性，产物完整性好；
• 检测灵敏度高：大幅度增加了低表达基因的检出量;
• 碱基分辨率高：可达单碱基分辨率，且可以定位到具体基因的具体转录本;
• 实验可控：质控点多，可从实验的开端判断细胞状况。

 

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