如何在具有丰富数据的表上进行 PCA，但将其与 R 中站点的环境参数向量重叠？

Posted 2023-02-16

【中文标题】如何在具有丰富数据的表上进行 PCA，但将其与 R 中站点的环境参数向量重叠？

【英文标题】：How to conduct PCA on a table with abundance data BUT overlay it with vectors of environmental parameters of the sites in R?

【发布时间】：2018-12-31 01:29:42

【问题描述】：

[下面的图 4 是我需要的结果，其他 2 个图显示了我从我的数据中得到的结果：PCA on environment data or on the enhancement data No duplication of R - how to make PCA biplot 更具可读性或 Plotting pca biplot with ggplot2

它同时在 PCA 中处理丰度和环境数据，使用两个不同的数据框架： 有人告诉我，它应该以这样的方式工作，从 PCA1 获取物种的坐标，而不是使用第二个命令覆盖物种坐标矢量，而不是来自 PCA 1，而是来自与第一个具有相同站点的另一个数据集不是丰富，而是环境数据。

我的教授在 10 年前对abundance 和环境数据进行了 PCA。他将物种丰度数据的主成分分析 (PCA) 的结果与 PCA 分数与可能影响ciliate 分布的环境因素之间的相关性进行了叠加。当我有一个数据框列出了 33 个站点的每种物种的丰度和一个数据框列出了 33 个站点的 12 个不同环境参数时，我该如何在 R 中做到这一点？ 所以例如有以下数据

#Create random dataframe of abundance data, I am sure this can be done simpler and more elegant than this ;)
species<-c("spec1", "spec2", "spec3", "spec 4", "spec 5", "spec 6", "spec7")
site1<-c(2,4,19,34,3,6,9)
site2<-c(5,8,9,12,0,1,1)
site3<-c(23,56,7,1,1,1,2)
site4<-c(4,6,2,8,5,1,7)
abundance<-data.frame(species,site1,site2,site3,site4)
rownames(abundance)<-abundance$species
abundance<-abundance[,-1]
#Create random dataframe of abundance data
#environmental parameters of the sites
X<-c("site1","site2","site3","site4")
Temp<-c(24,24.5,23.5,25)
Chla<-c(2.2,1.5,2.0,3.4)
Salinity<-c(24,25,26,23)
Depth<-c(200,400,600,200)
environment<-data.frame(X,Temp,Chla,Salinity,Depth)
rownames(environment)<-environment$X
environment<-environment[,-1]
###PCA on abundance data
#hellinger pre-transformation of abundance data
??decostand
library(vegan)
abu.h<-decostand(abundance,"hellinger")
abu.h.pca<-prcomp(abu.h)
biplot(abu.h.pca)
##and now I would need to discard the sites vectors and overlay it with 
#the environmental sites factors, due to my prof?
?prcomp
envir.PCA<-prcomp(environment,scale = TRUE)
biplot(envir.PCA)
?biplot

【问题讨论】：

感谢您在第一个问题中使用可重现的示例！干得好！一个小小的建议 - 将来它可能有助于超链接或解释特定于您的研究领域的单词，例如纤毛虫或丰富的（此上下文）。最后，这听起来不像是IDE相关的问题，所以rstudio标签可能是不合适的。

另外，这与 PCA 双图和叠加数据的一般情况不同吗？如果没有，*** 上已经有几个现有答案

R - how to make PCA biplot more readable的可能重复

Plotting pca biplot with ggplot2的可能重复

非常感谢您的帮助和编辑！很遗憾，但它与上述主题没有重复。他们都在使用一个数据集！我有两个不同的数据集。

【参考方案1】：

我找到了解决方案： envfit 素食主义者 将环境向量或因子拟合到排序中