如何让 R 读取我的环境变量？

Posted 2023-02-24

【中文标题】如何让 R 读取我的环境变量？

【英文标题】：How can I make R read my environmental variables?

【发布时间】：2012-08-30 18:17:20

【问题描述】：

我在 EC2 Spot 实例上运行 R，我需要 R 来终止实例并在脚本运行后取消 Spot 请求。

为此，我已将“请求 ID”设置为 /.bashrc 中的环境变量，我的计划是在脚本准备好后将以下代码简单地调用到 R 中

system("ec2-cancel-spot-instance-requests $SIR")

我遇到的问题是，当我从 R 外部键入 env 时，R 没有“看到”相同的环境变量，因此该命令不起作用。

我已经检查过，如果我将环境变量设置为/etc/environment，R 能够看到这些变量，但这是另一个问题。由于这些变量是动态的（每次创建 Spot 实例时实例 ID 和请求 ID 都不同），我正在运行一个脚本以以下形式创建它们：

export SIR=`cat /etc/ec2_instance_spot_id.txt`

该文件包含动态 ID 的位置

那么，如何将“动态”环境变量插入到 /etc/environment 中？或者，如何让 R 读取 /.bashrc 处的环境变量？

任何正确方向的提示将不胜感激！

【问题讨论】：

我发现 ~/.profile 中的变量可以从 Sys.getenv() 访问，但不能从 ~/.bashrc 访问。在添加新变量后，我必须从终端执行source ~/.profile，然后执行R 才能使其工作。

【参考方案1】：

我对 R 很陌生，但我的方法是：我将项目级环境变量存储在 .env 文件中。为了使其在 R 中可访问，我使用了

> readRenviron(".env")

然后去访问一个特定的变量

> Sys.getenv("RDS_UID")

而且效果很好。

【参考方案2】：

使用Sys.getenv()，您会看到当前环境中列出的所有变量。

但是，它们与当前 shell 中使用的不同，例如在 .profile 中指定的。

要为 R 设置变量，请在您的主目录中创建一个 .Renviron 文件并在那里写入

MYDIRECTORY="/home/wherever"

重新启动 R 后，您将能够访问此变量

Sys.getenv("MYDIRECTORY")

【讨论】：

我的主目录没有 .Renviron 文件，并且在我几天前更改值后，它在 R 内部返回了环境变量的旧值。无法弄清楚 R 从哪里获取旧值并且没有返回新值。

【参考方案3】：

你想要Sys.getenv()，就像Sys.getenv("PATH")一样。

或者你的例子，试试

SIR <- Sys.getenv("SIR")   
system(paste("ec2-cancel-spot-instance-requests",  SIR))

关于启动时设置变量，见help(Startup)了解~/.Renvironment等

【讨论】：

非常感谢 Dirk 抽出宝贵时间。我遇到的问题是，当我做 names(s <- Sys.getenv()) 时，SIR 不存在，当我做 SIR <- Sys.getenv("SIR") 时，SIR 中什么都没有，但是当我退出 R 并且我做 env 时，环境列表变量与我在Sys.getenv() 时得到的完全不同，在那里我可以看到 SIR 和我需要的其他变量。我会看看Renvironment，再次非常感谢。

好吧，这太丢人了。如果我已经创建了两个具有请求 ID 和实例 ID 的文件，为什么还要读取 R 中的环境变量？我可以获取这些文件的值并执行我的任务......这并不能解释为什么 R 没有看到与我退出 R 时看到的相同的环境变量，但会让我继续前进！感谢您的启发！

我通过使用Sys.setenv() 并基本上将我的环境变量从 R 外部复制到 R 来完成这项工作。虽然这使我的脚本工作，但我希望我能理解为什么会有一整套不同的环境变量知道R