为啥 R 对象不在函数或“for”循环中打印？

Posted 2023-02-24

【中文标题】为啥 R 对象不在函数或“for”循环中打印？

【英文标题】：Why do R objects not print in a function or a "for" loop?为什么 R 对象不在函数或“for”循环中打印？

【发布时间】：2011-06-10 14:39:43

【问题描述】：

我有一个名为 ddd 的 R 矩阵。当我输入这个时，一切正常：

i <- 1
shapiro.test(ddd[,y])
ad.test(ddd[,y]) 
stem(ddd[,y]) 
print(y) 

对 Shapiro Wilk、Anderson Darling 和 stem 的调用都有效，并提取同一列。

如果我将此代码放在“for”循环中，对 Shapiro Wilk 和 Anderson Darling 的调用将停止工作，而茎叶调用和 print 调用将继续工作。

for (y in 7:10) 
    shapiro.test(ddd[,y])
    ad.test(ddd[,y]) 
    stem(ddd[,y]) 
    print(y)


The decimal point is 1 digit(s) to the right of the |

  0 | 0
  0 | 899999
  1 | 0

[1] 7

如果我尝试编写一个函数，也会发生同样的事情。 SW & AD 不起作用。其他电话可以。

> D <- function (y) 
+ shapiro.test(ddd[,y])
+ ad.test(ddd[,y]) 
+ stem(ddd[,y]) 
+ print(y)  

> D(9)

  The decimal point is at the |

   9 | 000
   9 | 
  10 | 00000

[1] 9

为什么所有调用的行为方式不同？

【问题讨论】：

i 是什么意思 - 你是说第一行中的 y <- 1 吗？

【参考方案1】：

在一个循环中，自动打印被关闭，因为它在一个函数内部。如果你想看到输出，你需要在这两种情况下明确地print 一些东西。你得到的[1] 9 是因为你明确地打印了y 的值。

这是一个示例，说明您可能会考虑如何进行此操作。

> DF <- data.frame(A = rnorm(100), B = rlnorm(100))
> y <- 1
> shapiro.test(DF[,y])

    Shapiro-Wilk normality test

data:  DF[, y] 
W = 0.9891, p-value = 0.5895

所以我们有自动打印。在循环中，我们必须这样做：

for(y in 1:2) 
    print(shapiro.test(DF[,y]))

如果您想打印更多测试，只需将它们添加为循环中的额外行：

for(y in 1:2) 
    writeLines(paste("Shapiro Wilks Test for column", y))
    print(shapiro.test(DF[,y]))
    writeLines(paste("Anderson Darling Test for column", y))
    print(ad.test(DF[,y]))

但这并不是很吸引人，除非你喜欢阅读大量的输出。相反，为什么不保存拟合的测试对象，然后您可以打印它们并研究它们，甚至可以处理它们以将测试统计数据和 p 值聚合到一个表中？您可以使用循环来做到这一点：

## object of save fitted objects in
obj <- vector(mode = "list", length = 2)
## loop
for(y in seq_along(obj)) 
    obj[[y]] <- shapiro.test(DF[,y])

然后我们可以查看模型使用

> obj[[1]]

    Shapiro-Wilk normality test

data:  DF[, y] 
W = 0.9891, p-value = 0.5895

例如，或者使用lapply，它负责设置我们用来为我们存储结果的对象：

> obj2 <- lapply(DF, shapiro.test)
> obj2[[1]]

    Shapiro-Wilk normality test

data:  X[[1L]] 
W = 0.9891, p-value = 0.5895

现在假设我想提取W和p-value数据，我们可以处理存储所有结果的对象以提取我们想要的位，例如：

> tab <- t(sapply(obj2, function(x) c(x$statistic, x$p.value)))
> colnames(tab) <- c("W", "p.value")
> tab
          W      p.value
A 0.9890621 5.894563e-01
B 0.4589731 1.754559e-17

或者对于那些喜欢重要明星的人：

> tab2 <- lapply(obj2, function(x) c(W = unname(x$statistic), 
+                                    `p.value` = x$p.value))
> tab2 <- data.frame(do.call(rbind, tab2))
> printCoefmat(tab2, has.Pvalue = TRUE)
       W p.value    
A 0.9891  0.5895    
B 0.4590  <2e-16 ***
---
Signif. codes:  0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1

这一定比向屏幕输出输出要好，然后你必须倾泻而出？

【讨论】：

非常感谢，加文。我不知道“打印”在循环和函数中被关闭。医生没这么说。我也不熟悉“y in seq_along(obj)”。不知道你能做到！你的回答很有帮助。

我不知道'printCoefmat'。太好了！！

【参考方案2】：

不是一个新的答案，但除上述之外：“flush.console()”对于强制在循环期间而不是之后进行打印是必要的。我在循环中使用 print() 的唯一原因是显示进度，例如，读取许多文件。

for (i in 1:10) 
  print(i)
  flush.console()
  for(j in 1:100000)
    k <- 0

【讨论】：

对回答标题中的问题投赞成票。这应该被编辑，因此这个问题的标题与问题本身不匹配。

【参考方案3】：

来自 Gavin Simpson 的精彩回答。我把最后一点魔法变成了一个函数。

sw.df <- function ( data )  
   obj <- lapply(data, shapiro.test)
   tab <- lapply(obj, function(x) c(W = unname(x$statistic), `p.value` = x$p.value))
   tab <- data.frame(do.call(rbind, tab))
   printCoefmat(tab, has.Pvalue = TRUE)

然后你可以用你的数据框来调用它 sw.df ( df )

如果您想尝试转换： sw.df ( log(df) )