subprocess.Popen 解析命令列表出现问题；管道未正确发送

Posted 2023-02-23

【中文标题】subprocess.Popen 解析命令列表出现问题；管道未正确发送

【英文标题】：Trouble with subprocess.Popen parsing of the command list; pipe not being sent out correctly

【发布时间】：2013-12-24 09:40:07

【问题描述】：

当我在解释器中运行以下命令时

infile_intersect = subprocess.Popen(['cut', '-f', '1,2,3,4,5', infile, r'|', 'intersectBed', '-a', 'stdin', '-b', bound_motif, '-wo', r'|', 'sort', '-k', '1,1', '-k', '2,2n', '|uniq'], stdout=subprocess.PIPE).communicate()

我收到错误cut: invalid option -- a，但是当我对列表进行空格连接时，它似乎很好

>>> ' '.join(['cut', '-f', '1,2,3,4,5', infile, r'|', 'intersectBed', '-a', 'stdin', '-b', bound_motif, '-wo', r'|', 'sort', '-k', '1,1', '-k', '2,2n', '|uniq'])
'cut -f 1,2,3,4,5 test.bed | intersectBed -a stdin -b ENCODE.tf.bound.union.bed -wo | sort -k 1,1 -k 2,2n |uniq'

似乎管道没有正确发送，但我不确定原因

【参考方案1】：

这不是您使用子流程进行管道传输的方式，使用| 和列表输入表单是无效的。您应该将完整的字符串传递给它并使用shell=True 或像我在下面的示例中所做的那样使用管道：

>>> import subprocess
>>> p = subprocess.Popen(['cat', 'abc1'], stdout=subprocess.PIPE)
>>> p1 = subprocess.Popen(['uniq', '-c'], stdin=p.stdout, stdout=subprocess.PIPE)
>>> print p1.communicate()[0]
      3 word1
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      1 word4
      1 word5

使用字符串和shell=True

>>> print subprocess.Popen('cat abc1 | uniq -c', shell=True,
                                            stdout=subprocess.PIPE).communicate()[0]
      3 word1
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来自docs：

警告使用shell=True 调用系统外壳可能是一种安全措施 如果与不受信任的输入结合使用会有危险。

【参考方案2】：

你正在尝试execute a shell pipeline，如果你的输入是可信的，最快的方法是传入shell=True

subprocess.Popen(r'''cut -f 1,2,3,4,5 test.bed | intersectBed -a stdin -b ENCODE.tf.bound.union.bed -wo | sort -k 1,1 -k 2,2n |uniq''', shell=True).communicate()

如果您的输入不可信，您将不得不链接多个 Popen 对象，每个来自管道的命令一个，查看 this SO answer