Mac M1 上的 scikit-bio 问题

Posted 2023-02-23

【中文标题】Mac M1 上的 scikit-bio 问题

【英文标题】：Issues with scikit-bio on Mac M1

【发布时间】：2021-08-18 22:01:20

【问题描述】：

我尝试按照文档运行 conda install -c https://conda.anaconda.org/biocore scikit-bio 来安装 scikit-bio，但通过 python -m skbio.test 验证安装时出现以下错误：Error while finding module specification for 'skbio.test' (ModuleNotFoundError: No module named 'skbio')。

接下来，我尝试使用pip install numpy 和pip install scikit-bio 进行安装，但这会产生大量错误。无论如何尝试安装测试，得到相同的ModuleNotFoundError。

我使用的是配备 M1 处理器的 MacBook Air 2020，所以不确定是否是导致问题的原因。

【参考方案1】：

我不知道您是否仍然对 scikit-bio 有问题，但对我有用的解决方案是使用 sse2neon 包：https://github.com/DLTcollab/sse2neon

按照说明应该可以工作

git clone https://github.com/biocore/scikit-bio
cd scikit-bio
wget https://github.com/DLTcollab/sse2neon/blob/master/sse2neon.h

打开 simde-sse2.h 文件并替换以下两行：

#include <xmmintrin.h>
#include <emmintrin.h>

与：

#include "sse2neon.h"

然后运行：

pip install .

！请注意，此解决方案不适用于较新的 python 版本。我使用 python 3.8 来解决这个问题。