在 RStudio / Interactive R 会话中因错误而停止执行

Posted 2023-02-22

【中文标题】在 RStudio / Interactive R 会话中因错误而停止执行

【英文标题】：Make execution stop on error in RStudio / Interactive R session

【发布时间】：2017-07-04 12:31:32

【问题描述】：

在 RStudio 中执行代码块时，发生错误时执行实际上并没有停止。例如，如果我在打开的编辑器中有以下代码：

x <- 'test'
stopifnot(is.numeric(x))
print('hello world')

并运行它（使用命令返回或单击“运行”按钮），它会打印错误，然后继续执行打印语句。

有没有办法将 RStudio 配置为不继续出错？即让它在上面的第 2 行停止而不继续打印语句？

编辑：刚刚意识到，如果我使用 command-R 在标准 R GUI 中发送代码块，也会发生这种情况。

【问题讨论】：

如果您将其作为源文件执行，那么它将按照您的意愿工作。例如，如果您将 3 行代码复制并粘贴到控制台并按 Enter，那么它将分别运行每一行代码。第二种模式很可能是运行按钮的操作方式。

@lmo 谢谢——问题是我认识的大多数人都是交互式编程的。我正在尝试为社会科学家编写一个教程，以便在他们的代码中进行测试，并且需要在他们所在的地方满足他们。

总是有tryCatch 和try。

感谢@Dason 的评论，我刚刚想到的一个技巧：如果您将代码括在大括号中， R 将像执行单个命令一样执行该块，那么您将获得您的想要的结果。

@Dason 它经常出现在数据科学领域。人们有很长的数据清理和组织脚本，并希望添加完整性检查以确保当他们在某一时刻更改内容时，不会在其他地方搞砸他们的数据。只需进行少量检查以确保观察次数仍然正确，或者唯一标识符仍然是唯一的。

【参考方案1】：

当您选择一个部分并按 Ctrl+Enter 时，我认为没有办法阻止 RStudio 运行所有行。 Rstudio 只是一条接一条地运行。即使在函数内部调用stopifnot()，该函数调用之后的所有行仍将被计算。

如果您的目标只是在出现问题时得到通知，在大量代码徒劳无功之前，也许您可​​以定义一个类似于 stopifnot() 的函数，如果有错误。然后，您可以按Esc 或 RStudio 中的停止按钮来中断程序。像这样的：

waitifnot <- function(cond) 
  if (!cond) 
    message(deparse(substitute(cond)), " is not TRUE")  
    while (TRUE) 
  

现在，您可以使用此函数运行示例代码：

x <- 'test'
waitifnot(is.numeric(x))
print('hello world')

正如预期的那样，hello world 永远不会被打印出来。您将收到一条错误消息，告诉您出了点问题，然后程序将等待您手动中止它。

这在交互模式以外的任何情况下都无法正常工作。为了避免不愉快的情况，你也可以让函数做出不同的反应，如果它没有在交互模式下使用，例如这样：

waitifnot <- function(cond) 
  if (!cond) 
    msg <- paste(deparse(substitute(cond)), "is not TRUE")
    if (interactive()) 
      message(msg)
      while (TRUE) 
     else 
      stop(msg)
    
  

只有在交互模式下运行时，此函数才会进入无限循环。否则，它将通过调用stop() 简单地中止执行。我已经检查了使用 Ctrl+Enter 或 RStudio 中的 Source 按钮（无限循环）以及 Bash 命令行上的 Rscript（程序中止）是否可以正常工作。

【参考方案2】：

正如@lmo 所述，您只需点击按钮Source 而不是全选+Run。事实上，您甚至不需要保存脚本文件就能点击Source 按钮。

但问题确实是Source 将始终运行整个脚本。所以如果你真的只想在脚本中运行一个块，这对你没有帮助。

【参考方案3】：

解决此问题的一种方法是配置 R 'error' 选项以在遇到错误时运行自定义函数。

一个示例错误处理函数可以使用 Sys.sleep 暂停 R 的执行并等待用户输入（例如，通过按 ctrl-C 或在我的 Mac 上的 R-Studio 中按 Escape 退出正在运行的函数）。

通常，R 将继续前进并执行任何后续命令。但是，我们可以通过定义一个“吃掉”所有这些的函数来防止这种情况发生，这样它们就不会运行。为了使这个更流畅，我们可以在每个“吃掉”行之后输出一个“光标向上”字符序列，在输出下一个时擦除它们中的每一个，这样未运行的行就不会弄乱终端/控制台。

示例代码：

# Define our error-handling pause function:

pause=function()
    on.exit(eat_input())
    cat("Paused: press ctrl-C (or Escape key in Rstudio) to continue\n")
    cat("(any subsequent code will be ignored)\n")
    Sys.sleep(Inf)


# Define our 'eat_input' function to prevent output of subsequent, not-run input:

eat_input=function()
    cat("\033[1A")
    while((x=readline())!='')cat("\033[1A")


# Set the 'error' option to execute our pause function:

options(error=pause)

试试看：

print("Before the error")

# an error: we want to stop after this
xxx

# some more input: we don't want this to be run or to appear in the console
print("After the error")

要关闭此行为，只需将错误选项重新设置为NULL：

options(error=NULL)