使用多个 excel 表加快 pandas 迭代

Posted 2023-02-16

【中文标题】使用多个 excel 表加快 pandas 迭代

【英文标题】：Speed up pandas iteration with multiple excel sheets

【发布时间】：2021-12-18 16:19:49

【问题描述】：

我有一个包含 1000 张纸的 excel 文件，每张纸都包含一个数据框。为了给我的模型提供这些数据，我尝试将其转换为 1000 批张量，这是我的代码：

df = pd.read_excel('file.xlsx', sheet_name=None)
file_names = list(df.keys())

columns = ['A','B','C']
features = []
labels = []
for n in file_names:
  df = pd.read_excel('file.xlsx', sheet_name=n)
  features.append(df[columns].to_numpy())
  labels.append(df['D'].to_numpy())
  
Y = tf.convert_to_tensor(np.stack(labels), dtype=tf.float32)
X = tf.convert_to_tensor(np.stack(features), dtype=tf.float32)
dataset = tf.data.Dataset.from_tensor_slices((X, Y))

我的代码运行良好，但迭代它需要一个多小时。 未来我会有1000多批次的数据，所以有几千个csv文件似乎不是一个好主意。 我怎样才能加快这个过程？

【参考方案1】：

您可以检索一次file.xlsx，这会将所有工作表读入数据框字典，然后您可以从该字典中获取工作表：

import tensorflow as tf
import pandas as pd
import numpy as np
from random import sample

### Create data
writer = pd.ExcelWriter('file.xlsx', engine='xlsxwriter')
for i in range(1000):
  df = pd.DataFrame('A': [1, i, 1, 2, 9], 'B': [3, 4, i, 1, 4], 'C': [3, 4, 3, i, 4], 'D': [1, 2, 6, 1, 4], 'E': [0, 1, 1, 0, 1])
  df.to_excel(writer, sheet_name='Sheet'+ str(i))

writer.save()

df = pd.read_excel('file.xlsx', sheet_name=None)
file_names = list(df.keys())

columns = ['A','B','C']
features = []
labels = []
for n in file_names:
  temp_df = df[n]
  features.append(temp_df[columns].to_numpy())
  labels.append(temp_df['D'].to_numpy())
  
Y = tf.convert_to_tensor(np.stack(labels), dtype=tf.float32)
X = tf.convert_to_tensor(np.stack(features), dtype=tf.float32)
dataset = tf.data.Dataset.from_tensor_slices((X, Y))

此外，您可以尝试创建自己的自定义数据生成器并从 Excel 文件中检索随机样本，这也应该加快速度：

df = pd.read_excel('file.xlsx', sheet_name=None)
file_names = list(df.keys())
columns = ['A','B','C']

def generator_function(samples = 64):
    def generator():
        for n in sample(file_names, samples):
            temp_df = df[n]
            x = temp_df[columns].to_numpy()
            y = temp_df['D'].to_numpy()
            yield x, y
    return generator

gen = generator_function()
dataset = tf.data.Dataset.from_generator(
    generator=gen,
    output_types=(np.float32, np.int32), 
    output_shapes=((5, 3), (5))
)
batch_size = 16
dataset = dataset.batch(batch_size, drop_remainder=True)
dataset = dataset.prefetch(tf.data.AUTOTUNE)

【讨论】：

非常感谢，你真的很有帮助