带有多个命令的for循环[重复]

Posted 2023-02-22

【中文标题】带有多个命令的for循环[重复]

【英文标题】：for loop with multiple commands [duplicate]

【发布时间】：2019-06-24 02:42:13

【问题描述】：

我在files.txt 中有多个文件名。我想在每个文件上运行三个脚本。我的建议正确吗？

文件.txt：

SRR13143.sra
SRR44234.sra
SRR23424.sra

我的尝试：

for FILE in "file.txt";
do
prefetch --max-size 300G $FILE
fastq-dump --gzip --split-3 $FILE
rm $FILE;
done

【问题讨论】：

您不是从file.txt 读取文件名，您只是在逐字逐句地遍历名称file.txt。

顺便说一句，你应该总是引用变量，除非你有充分的理由不这样做。

【参考方案1】：

您想要一个 while 循环。

while IFS= read -r FILE; do
  prefetch --max-size 300G "$FILE"
  fastq-dump --gzip --split-3 "$FILE"
  rm "$FILE"
done < file.txt

【讨论】：

也许作为点睛之笔，您的私有变量更喜欢小写。

可能想要重定向循环中的命令</dev/null，如果我们不知道它们不消耗标准输入，只是出于谨慎。或者将 file.txt 放在备用 fd 上。

如果其中一个脚本在输出中添加了扩展名，例如 SRR13143.sra.gz，我可以写：“$FILE”.gz 吗？？