当我使用 assignTaxonomy 时 R 会话中止

Posted 2023-02-22

【中文标题】当我使用 assignTaxonomy 时 R 会话中止

【英文标题】：R session abort when I use assignTaxonomy

【发布时间】：2020-02-18 14:07:09

【问题描述】：

我已经遇到这个问题一个多星期了，我的时间和耐心都快用完了。当我在 Mac 上运行我的脚本和在 PC 上运行它时会出现这个问题（结果与更多的 RAM，它只是更快地中止）。当我尝试运行这行数据集时，会话中止。

  set.seed(119)
  tax_PR2 <- assignTaxonomy(seqtab, 
                      "~/Desktop/Documents/Bruts/aeDNA_data_shared/pr2_version_4.11.1_dada2.fasta",
                      multithread=TRUE)

有人知道问题出在哪里吗？我验证了我的数据集（R 目前将 seqtab 视为 20.2Mb 的 3930724 个元素的大矩阵），我验证了我计算机上的空间，我拥有运行这行代码所需的所有包，我尝试了不同的来源PR2 的基因组数据库（PR2 版本 4.11.1 或 4.12.0 等...），它始终具有相同的结果。

如果您有任何想法，我将不胜感激。我希望我提供的信息是足够的。

已安装的软件包：

   library(BiocManager)
   library(Rcpp)
   library(dada2)
   library(ff)
   library(ggplot)
   library(gridExtra)
   library(phyloseq)
   library(vegan)

【问题讨论】：

没有reprex 的帮助总是比较棘手。但是您是否尝试过使用另一个文件？ multithread=FALSE

时你还会遇到同样的问题吗？

【参考方案1】：

这可能是由 1.14 中引入的错误引起的，请参阅此处的 Github 问题以获取更多信息：https://github.com/benjjneb/dada2/issues/916

我们刚刚确定了原因，应该很快就会解决。为了立即使用，解决方法是关闭多线程，或恢复到之前的 1.12 版本。