我在尝试导入 pybel 模块时遇到 AttributeError

Posted 2023-02-19

【中文标题】我在尝试导入 pybel 模块时遇到 AttributeError

【英文标题】：I arrive at an AttributeError while trying to import the pybel module

【发布时间】：2018-09-02 21:27:43

【问题描述】：

参考以下说明： http://open-babel.readthedocs.io/en/latest/UseTheLibrary/Python_Pybel.html

从http://openbabel.org/wiki/Category:Installation安装windows 64位版本的Openbabel 2.4.1后，我已经通过pip安装了openbabel和pybel。

>>>pip install pybel
>>>pip install openbabel

我正在尝试以 sdf 格式查找分子的分子量（文件名为 mol1.sdf，存在于同一目录中）

我创建的python文件（test.py）如下：

import pybel
mol = pybel.readfile("sdf", "mol1.sdf").next()
print (mol.molwt)

以下是命令提示符中发生的情况：

>>> python test.py
Traceback (most recent call last):
File "test.py", line 2, in <module>
mol = pybel.readfile("sdf", "mol1.sdf").next()
AttributeError: 'module' object has no attribute 'readfile'

但是根据上面参考链接中的示例代码，有一个名为'readfile'的属性，它可以读取文件和格式。我错过了什么吗？谢谢

【问题讨论】：

你看到了吗：forums.openbabel.org/…？

@Georgy 感谢您的链接！原来我没有为程序安装 Python Bindings。

在这种情况下，您可以为自己的问题写一个答案并接受它，以帮助将来遇到同样问题的人

【参考方案1】：

我发现我犯了一个错误。原来我没有为程序安装 Python Bindings v1.8。

【参考方案2】：

您安装了“错误”的 pybel。对于那些使用 Acaconda 的人，你应该搜索 openbabel 并安装它。安装 openbabel 后，你应该可以使用 pybel 了。不要直接搜索安装pybel，pybel本身是不行的。 您应该执行以下操作： conda uninstall pybel, conda install -c openbabel openbabel

【参考方案3】：

我得到了同样的错误，后来意识到我安装了错误的 'pybel' 库。 如果您使用conda install pybel 或pip install pybel 安装了“pybel”，那么您安装了错误的库（即https://pypi.org/project/pybel/）。您可以使用help(pybel) 查看包说明，以检查它是否是您所期望的包。

要安装正确的“pybel”库，请使用conda install openbabel 或pip install openbabel。安装后使用此命令from openbabel import pybel 导入“pybel”，现在您可以使用正确的库了。如果仍然出现错误，请考虑使用 openbabel 本身。