RMarkdown：如何将参数传递给在 R 中定义为变量的 bash 块？

Posted 2023-02-14

【中文标题】RMarkdown：如何将参数传递给在 R 中定义为变量的 bash 块？

【英文标题】：RMarkdown: How to pass arguments to bash chunk defined as variables in R?

【发布时间】：2022-01-14 05:21:36

【问题描述】：

Cross-posted

我想使用在 R 环境中定义的变量作为 bash 块中的参数。有什么办法吗？

例如，在下面的示例中，我想使用 R 来定义脚本的路径并将其作为参数传递给 bash：

```r
path_to_script <- glue("here::here()/bash_scripts/script.sh")
\```

```bash
bash  **path_to_script**
\```

【问题讨论】：

好吧，我不知道 R，但它似乎有 shell 转义函数，你将 100% 需要使用：rdrr.io/r/base/shQuote.html

【参考方案1】：

我认为 knitr bash 引擎不会进行任何替换，但您应该能够写入环境变量，并在 bash 中使用它。

例如，

---
title: "Untitled"
date: "09/12/2021"
output: html_document
---


```r
msg <- shQuote("This is a message from R.")
Sys.setenv(R_MESSAGE = msg)
```

```bash
echo $R_MESSAGE
```

产生这个输出：

我在阅读@Fravadona 的评论后添加了shQuote() 调用：这绝对是一个好主意，因为您正在构建的路径可能包含空格或其他特殊字符。

【讨论】：

不，您的方法不需要shQuote，也就是说，如果您在双引号内展开环境变量：echo "$R_MESSAGE"

@Fravadona，我在考虑 Oleg 的示例，其中环境变量中的文本可能包含 bash 认为特殊的字符。 bash "$R_MESSAGE" 会忽略这些，还是对它们采取行动？

这取决于$R_MESSAGE 的扩展时间：如果是在调用bash 之前，那么您将需要shQuote。如果它被 bash 扩展，那么双引号就足够了

【参考方案2】：

感谢@user2554330 的建议。确实，它似乎以我在问题中解释的方式起作用。但是，建议使用更简单的解决方案here。也就是说，不要使用 bash 块，而是使用完整的命令创建一个字符串并将其传递给 R 中的system() 函数。在这种情况下，我可以在同一个环境中做所有事情。

```r
path_to_script <- glue("here::here()/bash_scripts/script.sh")
arg1 <- "something"
full_command <- glue("bash path_to_script arg1")
system(full_command)
```

【讨论】：

是的，这样会更好，但不要跳过shQuote() 的引用。如果here::here() 返回包含特殊字符的内容（例如空格在 Windows 上很常见），它将无法正确执行。