具有范围值颜色的 ggplot2 热图

Posted 2023-02-18

【中文标题】具有范围值颜色的 ggplot2 热图

【英文标题】：ggplot2 heatmap with colors for ranged values

【发布时间】：2012-06-14 10:19:20

【问题描述】：

我想在 ggplot2 中制作热图。我的玩具数据和代码是：

set.seed(12345)
dat <- 
  data.frame(
      Row = rep(x = LETTERS[1:5], times = 10)
    , Col = rep(x = LETTERS[1:10], each = 5)
    , Y = rnorm(n = 50, mean = 0, sd = 1)
    )
library(ggplot2)
p <- ggplot(data =  dat, aes(x = Row, y = Col)) + 
      geom_tile(aes(fill = Y), colour = "white") +
      scale_fill_gradient(low = "white", high = "steelblue")
p

我想为这样的范围值设置配色方案：

-3 <= Y < -2  ---> Dark Blue
-2 <= Y < -1  ---> Blue
-1 <= Y <  0  ---> Light Blue
 0 <= Y <  1  ---> Light Green
 1 <= Y <  2  ---> Green
 2 <= Y <= 3  ---> Dark Green

【参考方案1】：

对于这样的事情，您有多种选择，但这里有一个作为起点。

首先，使用cut 从Y 创建一个具有适当范围的因子：

dat$Y1 <- cut(dat$Y,breaks = c(-Inf,-3:3,Inf),right = FALSE)

然后使用来自 RColorBrewer 的调色板进行绘图：

ggplot(data =  dat, aes(x = Row, y = Col)) + 
      geom_tile(aes(fill = Y1), colour = "white") +
      scale_fill_brewer(palette = "PRGn")

这种配色方案在低端比蓝色更偏紫色，但它是我能在啤酒调色板中找到的最接近的配色。

如果您想构建自己的，只需使用 scale_fill_manual 并为 values 参数指定所需的颜色向量。

【讨论】：

感谢@joran 的回复。我想知道如何清除绘图的两个矩形之间的线条。谢谢

@MYaseen208 在geom_tile 中设置colour = "transparent"。

【参考方案2】：

不清楚您是否需要离散颜色，或者您列出的颜色是否只是Y 范围内的标记。我会显示两者。

对于离散的颜色，使用Y1 joran 定义它

dat$Y1 <- cut(dat$Y,breaks = c(-Inf,-3:3,Inf),right = FALSE)

然后您可以使用手动比例获得包含您列出的特定颜色的图

p <- ggplot(data =  dat, aes(x = Row, y = Col)) + 
      geom_tile(aes(fill = Y1)) +
      scale_fill_manual(breaks=c("\[-Inf,-3)", "\[-3,-2)", "\[-2,-1)", 
                                 "\[-1,0)", "\[0,1)", "\[1,2)", 
                                 "\[2,3)", "\[3, Inf)"),
                        values = c("white", "darkblue", "blue",
                                   "lightblue", "lightgreen", "green",
                                   "darkgreen", "white"))
p

我不知道您想要 -3 和 3 以外的颜色，所以我使用了白色。

如果你想要一个连续的颜色，从负片的蓝色到 0 的白色到正片的绿色，scale_fill_gradient2 可以工作。

ggplot(data =  dat, aes(x = Row, y = Col)) + 
  geom_tile(aes(fill = Y)) +
  scale_fill_gradient2(low="darkblue", high="darkgreen", guide="colorbar")

如果您想要对颜色进行精细的细节控制，例如映射在 3 处为“深蓝色”，在 2 处为“蓝色”，在 1 处为“浅蓝色”，在 0 处为“白色”等，那么scale_fill_gradientn 将起作用给你：

library("scales")
ggplot(data =  dat, aes(x = Row, y = Col)) + 
  geom_tile(aes(fill = Y)) +
  scale_fill_gradientn(colours=c("darkblue", "blue", "lightblue", 
                                 "white",
                                 "lightgreen", "green", "darkgreen"),
                       values=rescale(c(-3, -2, -1,
                                        0,
                                        1, 2, 3)),
                       guide="colorbar")

【讨论】：

感谢@Brian 的好回答。你是 ggplot2 的向导。非常感谢您的帮助。

有趣的是，尽管有 40 个赞成票，但当我复制并粘贴 Brian 的 scale_fill_manual 方法时，它只是无法正常工作，如图所示。

@Aguscamacho 您收到任何错误消息了吗？我收到一条非常明确的错误消息，指出“[”是字符串中无法识别的转义符。删除手册breaks 定义中的\ 有效。看到答案是六年前，代码似乎很可能在六年前就可以工作，但是已经被 R 或 ggplot2 或其他任何东西的一些更新破坏了。