如何从图中删除顶点并在其邻居之间创建边？

Posted 2023-04-18

【中文标题】如何从图中删除顶点并在其邻居之间创建边？

【英文标题】：How do I delete a vertex from a graph and create edges between its neighbors?

【发布时间】：2019-03-12 04:47:50

【问题描述】：

例如，如果我们有一个图 1-2-3 并删除顶点 2，那么图将是 1-3。我有一个包含 10000000 多个顶点的巨大图表，所以我无法手动删除和创建所有顶点。当我使用delete.vertices(g, verticesToDelete) 时，它会自动删除他们与邻居之间的边缘。 假设我们有一个 *** 用户和徽章的图表，其中一条边表示用户拥有该徽章。我希望在拥有该徽章的所有用户之间拥有优势。下面是一个代码示例：

users <- c(1,2,3,4,5,6,7,8)
badges <- c('Teacher','Teacher','Teacher','Student','Student','Student','Popular Question','Popular Question')
edgeList <- data.frame(users,badges)

library(igraph)
g <- graph_from_data_frame(edgeList,directed = FALSE)
plot(g)
verticesToDelete <- c('Teacher','Student','Popular Question')
g2 <- delete.vertices(g, verticesToDelete)
plot(g2)

# I want the graph to be like the one below after the deletions

users1 <- c(1,1,2,4,4,5,7)
users2 <- c(2,3,3,5,6,6,8)
edgeList2 <- data.frame(users1,users2)
g3 <- graph_from_data_frame(edgeList2,directed = FALSE)
plot(g3)

【问题讨论】：

欢迎来到 Stack Overflow！您能否通过分享您的数据样本来重现您的问题，以便其他人可以提供帮助（请不要使用str()、head() 或屏幕截图）？您可以使用 reprex 和 datapasta 包来帮助您。另见Help me Help you & How to make a great R reproducible example?

@Tung 我添加了我的数据样本和一些代码。

我知道的老问题，但是你能?connect他们一起吗？还是用一个非常大的图表失败？

【参考方案1】：

这个怎么样？

edgeList <- data.frame(users,badges)

edgeList_badges <- merge(edgeList,edgeList,by="badges",
                         all=T)

edgeList_badges$badges <- NULL
edgeList_badges <-edgeList_badges %>% filter(users.x!=users.y)

edgeList_badges<-edgeList_badges[!duplicated(t(apply(edgeList_badges[1:2], 1, sort))), ]


g4 <- graph_from_data_frame(edgeList_badges,directed = FALSE)
plot(g4)

您通过徽章将表edgeList 与其自身合并以获得具有相同徽章的用户的所有组合 删除列徽章：我们不需要它 删除用户与自己的关系 删除用户排列：如果 1 和 2 之间有链接，我不需要 2 和 1 之间的链接（这也解决了第 3 点） 享受您的图表（如果这是您要求的图表...）

这是另一种选择

library(DescTools)
edgeList <- data.frame(users,badges)

combSetTmp <- list()
for(badge in 1:length(verticesToDelete))
  tmp <- edgeList %>% filter(badges==verticesToDelete[badge]) %>% select(users)
  combSetTmp[[badge]] <- CombSet(tmp$users,2)



combSet <- do.call(rbind, combSetTmp)

g4 <- graph_from_edgelist(combSet,directed = FALSE)
plot(g4)

我们过滤具有相同徽章的用户 创建这些用户的所有集合 加入所有集合 画图

应该更“内存友好”

【讨论】：

它适用于这个小样本，但原始数据帧有数百万行，合并后的数据帧将超过 2^31 -1 行，因此它返回合并错误。link

我的第二个猜测怎么样？

我收到以下错误：inds_combine(.vars, ind_list) 中的错误：位置必须在 0 和 n 之间

数据好像太大了。你能分成几个部分吗？