在其他包的 S4 类之间创建转换方法

Posted 2023-04-13

【中文标题】在其他包的 S4 类之间创建转换方法

【英文标题】：Create conversion methods between S4 classes from other packages

【发布时间】：2021-01-10 16:31:37

【问题描述】：

假设我想创建一个 R 包，它在 S4 类在其他包中定义之间定义强制方法 (methods::as)。

当我使用自己的 S4 类创建包时，我可以像这样添加与其他类的转换：

setAs("MyClass", "OtherClass", function(from) myfun(from))

只要类被正确导出，一旦加载包，这些就可以正常工作。

但是现在假设我想从packageA 获取A 类，从packageB 获取B 类，这两个都是S4 类，我想创建自己的与@ 之间的转换函数987654327@B（假设两个包都没有定义与另一个包的类之间的转换函数）。

如果我尝试添加这样的内容：

setAs("A", "B", function(from) castAtoB(from))
setAs("B", "A", function(from) castBtoA(from))

然后安装并加载包，这些方法将不可用 - 例如像这样：

library(methods)
library(packageA)
library(packageB)
library(myPackage)

objA <- packageA::createObjA()
as(objA, "B")

将失败并显示如下消息：

Error in as(objA, "B") : 
  no method or default for coercing “A” to “B”

如何注册这些方法，以便在加载我的包时可以使用它们？

【问题讨论】：

function(from) myfun(from) 可以在 setAs 调用中被 myfun 替换。类似的功能也一样（castAtoB 反之亦然）。

在你的例子中，你还没有真正加载你的包。这是故意的吗？

@JDL 抱歉，在代码中添加了它，尽管当我尝试运行类似的代码时它没有任何区别。

【参考方案1】：

我会回答自己：要让它工作需要在DESCRIPTION 文件中添加以下行：

export()

然后它就可以正常工作了。