使用 GEOquery 从 GEO 检索数据表标题

Posted 2023-03-23

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【中文标题】使用 GEOquery 从 GEO 检索数据表标题【英文标题】：Retrieving data table headers from GEO using GEOquery 【发布时间】：2017-12-04 23:44:44 【问题描述】：

对于 GEO 中的研究，我想获取数据表标题描述，特别是研究中所有样本的“VALUE”列。

如果您go here 然后向下滚动并单击其中一个示例：让我们选择“GSM2644971”。然后向下滚动，您应该会看到“数据表标题描述”，在下方您应该看到“VALUE Normalized（提供标准化方法）Average Beta”。这些信息正是我想要的。

我尝试使用 Biobase 包中的assayData()，但我不知道该方法是采用样本、样本矩阵还是其他东西作为参数。显然它需要一个 S4 然后返回一些随机文本，但我不知道如何使用该随机文本。

编辑：

例如，如果我这样做：

library(Biobase)
library(GEOquery)

getgeo<-getGEO("GSE99511")
assayData(getgeo$GSE99511_series_matrix.txt.gz)

当我使用assayData() 时，我希望它返回：

“归一化（提供归一化方法）平均Beta”。

而是返回：

<environment: 0x110674178>

如果问题没有意义，或者我应该使用其他方法，请告诉我。

【问题讨论】：

【参考方案1】：

你可以通过exprs函数得到标准化的beta值，例如：

e <- exprs(getgeo$GSE99511_series_matrix.txt.gz)
head(e)

【讨论】：

以上是关于使用 GEOquery 从 GEO 检索数据表标题的主要内容，如果未能解决你的问题，请参考以下文章