BioPython 的 codeml 永远不会完成

Posted 2023-03-13

【中文标题】BioPython 的 codeml 永远不会完成

【英文标题】：codeml from BioPython never finish

【发布时间】：2016-03-30 22:44:50

【问题描述】：

我正在尝试使用 BioPython 来运行 PAML 并运行这些代码：

from Bio.Phylo.PAML import codeml
cml = codeml.Codeml(alignment = "lysin.phy", tree = "lysin.trees", out_file = "results.out")
cml.read_ctl_file("codeml.ctl")
results=cml.run()

但是，cml.run() 将进入睡眠状态并且永远不会完成。当我取消它时，消息返回是：

Traceback (most recent call last):
File "<stdin>", line 1, in <module>
File "/home/bioinfo/anaconda3/lib/python3.5/site-packages/biopython-1.66-py3.5-linux-x86_64.egg/Bio/Phylo/PAML/codeml.py", line 186, in run
Paml.run(self, ctl_file, verbose, command)
File "/home/bioinfo/anaconda3/lib/python3.5/site-packages/biopython-1.66-py3.5-linux-x86_64.egg/Bio/Phylo/PAML/_paml.py", line 145, in run
stdout=subprocess.PIPE)
File "/home/bioinfo/anaconda3/lib/python3.5/subprocess.py", line 562, in call
return p.wait(timeout=timeout)
File "/home/bioinfo/anaconda3/lib/python3.5/subprocess.py", line 1651, in wait
(pid, sts) = self._try_wait(0)
File "/home/bioinfo/anaconda3/lib/python3.5/subprocess.py", line 1601, in _try_wait
(pid, sts) = os.waitpid(self.pid, wait_flags)
KeyboardInterrupt

谁能帮我找出错误在哪里。我使用的对齐文件和树文件在 PAML 示例文件夹中。

【问题讨论】：

你有哪个版本的 PAML，它可以在 Biopython 之外正常运行吗？即它是否安装正确。另外您使用的是哪个操作系统？我可以从回溯中告诉您正在使用 Anaconda 的 Python 3.5。

【参考方案1】：

我遇到了同样的问题，以下调整有效。我不知道为什么，现在也没有时间弄清楚，但如果有人能解释一下，我会很高兴。基本上顺序很重要，否则参数设置回null【你可以通过cml.print_options()来验证】。

cml = codeml.Codeml()
cml.read_ctl_file("ctl_file_path")
cml.tree = "full_tree_path"
cml.alignment = "full_alignment_path"
cml.out_file = "full_out_path"
cml.working_dir = "full_dir_path"

cml.run()

它在以下情况下不起作用：

设置其他选项后读取ctl文件 使用构造函数 codeml.Codeml() 设置选项 working_dir 未设置（尽管提供了所有文件的完整路径）

我也在通过 conda 运行 python。