Java中的邻居加入算法

Posted 2023-03-12

【中文标题】Java中的邻居加入算法

【英文标题】：Neighbor Joining Algorithm in Java

【发布时间】：2015-01-01 05:07:52

【问题描述】：

我正在尝试实现一个邻居加入算法来创建一个系统发育树。该算法在此处进行了描述，我一直将其用作参考：

http://en.wikipedia.org/wiki/Neighbor_joining

我已经到了需要开始合并节点的地步，在示例中他们将 a 和 b 合并到 u 中。我在如何在java中实现它时遇到了麻烦。我有一个这样的距离矩阵：

double[][] distanceMatrix = new double[][]
    0, 7,11,14,
    7, 0,6,9,
    11,6,0,7,
    14,9,7,0
;

我创建一个 Q 矩阵没问题，并确定最小值以及因此需要合并哪些节点。但是当涉及到实际编码时，我很难过。我需要创建一个新的相似矩阵，将 A 和 B 替换为 U，所以我假设我需要创建一个比我开始时更小的新矩阵，所以我需要创建一个大小为 -1 的全新矩阵？我还需要跟踪索引，因为它们对应于特定的序列。每次合并时，它们都需要向下移动，所以我想我需要一些列表来跟踪序列的去向？

谁能告诉我如何开始？

【参考方案1】：

如果您不想重建矩阵，可以将列标记为“死”。

为每一列保留一个包含聚合（合并）内容的列表。

对我来说，这听起来很像经典的层次凝聚聚类 (HAC)；应该有很多关于如何在矩阵上实现它的例子。