h5py 无法将元素 0 转换为 hsize_t

Posted 2023-03-11

【中文标题】h5py 无法将元素 0 转换为 hsize_t

【英文标题】：h5py cannot convert element 0 to hsize_t

【发布时间】：2016-09-04 09:41:09

【问题描述】：

我在 hdf5 文件中有大量图像，我想加载和分析这些图像。每个图像都是 1920x1920 uint16 并且将它们全部加载到内存中会使计算机崩溃。有人告诉我，其他人通过切片图像来解决这个问题，例如如果数据是 1920x1920x100（100 张图像），那么他们读取每个图像的前 80 行并分析该切片，然后移动到下一个切片。我可以毫无问题地做到这一点，但是当我尝试在 hdf5 文件中创建数据集时，它得到一个 TypeError: Can't convert element 0 ... to hsize_t

我可以用这个非常简化的代码重现问题：

with h5py.File('h5file.hdf5','w') as f:
    data = np.random.randint(100, size=(15,15,20))
    data_set = f.create_dataset('data', data, dtype='uint16') 

给出输出：

TypeError: Can't convert element 0 ([[29 50 75...4 50 28 36 13 72]]) to hsize_t 

我也尝试过省略“data_set =”和“dtype='uint16'”，但仍然遇到同样的错误。那么代码是：

with h5py.File('h5file.hdf5','w') as f:
    data = np.random.randint(100, size=(15,15,20))
    f.create_dataset('data', data) 

谁能给我任何关于问题所在的提示？ 干杯！

【参考方案1】：

create_dataset的第二个参数是shape参数（见docs），但是你传递的是整个数组。如果要使用现有数组初始化数据集，则必须使用 data 关键字指定它，如下所示：

data_set = f.create_dataset('data', data=data, dtype="uint16")