从 CRAN 镜像安装具有依赖项的本地 R 包

Posted 2023-03-07

【中文标题】从 CRAN 镜像安装具有依赖项的本地 R 包

【英文标题】：Install a local R package with dependencies from CRAN mirror

【发布时间】：2014-09-20 22:28:22

【问题描述】：

我已经构建了一个 R 包，即我有 mypackage.tar.gz 文件。这个包依赖于其他几个包，都可以从任何 CRAN 镜像下载和安装。

现在我想在尚未安装依赖项的系统上安装此包，我希望在安装包时自动下载并安装依赖项。

我试过了：

install.packages("mypackage.tar.gz",type="source",dependencies=TRUE,repos="http://a.cran.mirror")

但它在镜像上搜索mypackage.tar.gz（显然它没有找到），而如果我设置repos=NULL，它会正确尝试安装本地包文件（如文档所述），但显然它没有找到依赖包。

所以我的问题是：有没有办法执行“混合”安装（具有在线依赖项的本地包）或唯一的方法是手动安装所有依赖项？

【问题讨论】：

相关（可能重复）：***.com/questions/5805049/…

惊讶于 R 默认情况下没有提供执行此操作的机制。这不是包管理101吗？

【参考方案1】：

在这里，我将untar() 与devtools::install() 一起使用，并传入一个已提取源tarball 的目录。

d <- tempdir()
untar("mypackage.tar.gz", compressed="gzip", exdir=d)
devtools::install(file.path(d, "mypackage"), dependencies=TRUE,
                  repos="https://cloud.r-project.org/")

如果您想从多个存储库安装，您可以提供它们的列表。例如，要同时使用 Bioconductor 和 CRAN，您可以运行：

 devtools::install(file.path(d, "mypackage"), dependencies=TRUE,
                   repos=BiocManager::repositories())

注意：我不知道如何直接将 tarball 传递给install()，但是这个解决方案同时工作并且不会留下任何混乱，因为我们提取到一个临时目录。似乎install_local() 应该能够获取 tarball，但尝试这样做时出现错误。

【讨论】：

install_local() 完全符合我的需要。

【参考方案2】：

您可以使用 devtools 包中的install。只需运行install("<directory of your package>", dependencies = TRUE)。它的帮助说明：

使用 R CMD INSTALL 安装包。如果尚未安装，还将尝试从 CRAN 安装包的依赖项。

【参考方案3】：

如果你已经安装了本地包，你应该可以使用 tools 中的几个函数从 CRAN 安装依赖项：

library('tools')
installFoundDepends(pkgDepends('mypackage', local = FALSE)$Found)

注意：您可以通过installFoundDepends 将参数（如repos）传递给install.packages。

您还可以使用pkgDepends 输出中的Depends 元素直接传递给install.packages：

install.packages(pkgDepends('mypackage')$Depends)

更新：显然无法使用dependencies=FALSE 安装本地软件包。这看起来很奇怪，因为您可以对存储库中的远程包执行此操作。原因（looking at the source code）是if(is.null(repos) & missing(contriburl))，安装是通过对R CMD INSTALL的系统调用来处理的，它没有与依赖相关的参数。

【讨论】：

如果我还没有安装本地包的所有依赖项，我将无法安装它。

不幸的是它不起作用，即使将依赖项设置为 FALSE，实际上手册页明确指定将 repos 设置为 NULL（需要安装本地包），依赖项参数被忽略。跨度>

@WoDoSc 好的，许多进一步的测试表明这真的很烦人和令人惊讶。我实际上认为能够在没有依赖关系的情况下安装本地包是 R 的一个非常合理的功能请求，值得提交。