使用传递文件的 a.R 在命令行上调用 RMarkdown

Posted 2023-02-25

【中文标题】使用传递文件的 a.R 在命令行上调用 RMarkdown

【英文标题】：call RMarkdown on command line using a.R that is passed a file

【发布时间】：2015-04-14 23:20:42

【问题描述】：

总之，我在 RStudio 中的“input_file1.txt”上使用我的脚本“Graphs.R”来创建一个 Rmd，然后我将它编织成 html。我想自动化这个过程以在命令行上运行更多文件。

到目前为止，我可以使用以下命令在命令行上运行 Rscript：

Rscript Graphs.R input_file1.txt

我也知道我可以使用以下方法创建一个 .RMD 文件：

Rscript -e rmarkdown::render(Graphs.R)

但是，我想做以下事情：

Rscript -e rmarkdown::render('Graphs.R input_file1.txt', 'output_file.Rmd')

有什么想法可以做到这一点吗？

【问题讨论】：

不清楚您要做什么。第一个脚本的结果是什么？

Graphs.R 在 'input_file1.txt' 中创建表格和数据图表，例如 kable(df) 和一些插入表格的条形图以提供数据的汇总统计信息。

【参考方案1】：

目前还不完全清楚您要做什么。似乎您有一个文本文件，必须通过 R 脚本将其转换为 Rmd（为什么它不只是一个 Rmd 开始？），然后您想要渲染 Rmd。您可以通过在终端中运行以下命令来执行此操作：

Rscript Graphs.R
Rscript -e "rmarkdown::render('output_file.Rmd')"

第一个命令运行Graphs.R 文件，该文件可能会生成output_file.Rmd。第二个命令运行一个将output_file.Rmd 编织成output_file.html 的单线。

如果您想读取 R 文件中的命令行参数，请尝试 ?commandArgs。

args <- commandArgs(trailingOnly = TRUE)

另见Stack Overflow question。