比较两个 anaconda 安装之间的包

Posted 2023-02-14

【中文标题】比较两个 anaconda 安装之间的包

【英文标题】：Compare packages between two anaconda installations

【发布时间】：2019-06-04 17:35:48

【问题描述】：

我的 Mac 上安装了两个版本的 Python，即 Anaconda，3.5 和 3.7。有什么方法可以知道我在 3.5 中安装了哪些在 3.7 中没有的软件包，例如可以使用 pip 安装的软件包（pulp、wordcloud 等）。

到目前为止我尝试过的是使用命令行：

diff -rq anaconda/.../python3.5/site-packages anaconda3/.../python3.7/site-packages

这显示了目录之间的差异，但显示了很多重复的包和核心模块的信息。如何找到两个 Anaconda 版本之间的包差异？

【问题讨论】：

可以使用pip3.5 list和pip3.7 list，然后比较输出。

感谢@Mowshon 真正有帮助。对额外过滤重复包（如 astropy 或 conda）有什么想法吗？

【参考方案1】：

您可以使用conda list 列出特定环境下安装的所有软件包。此外，您可以将列表导出到带有标志--export 的文件。 例如，如果您的环境名为 python3 和 pytorch_p36，您可以执行以下操作：

conda list -n python3 --export > python3-packages.txt
conda list -n pytorch_p36 --export > pytorch_p36-packages.txt
diff python3-packages.txt pytorch_p36-packages.txt

该命令还接受标志--json，它将以json格式导出数据，适合自动处理。

【讨论】：

嘿@Julian Peller 感谢您的回复。我试过了，但我面临着额外的麻烦。我不知道如何指定环境名称。我使用 conda info --envs 寻找它们。它表明其中一个称为 /anaconda3，另一个称为 /anaconda。因此，当我输入 conda list -n anaconda 时，会出现一个错误，告诉您没有这样的环境。如果您能给我任何提示，我将不胜感激。

@julian peller 激活环境conda activate myenv，然后您可以获得与该环境相关的信息

【参考方案2】：

感谢 dataista 为您提供的 Linux 解决方案。对于 Windows diff 不起作用，但在 Windows 中可以使用 FC：

conda list -n python3 --export > python3-packages.txt
conda list -n pytorch_p36 --export > pytorch_p36-packages.txt
FC python3-packages.txt pytorch_p36-packages.txt

【参考方案3】：

最近的一项开发现在提供了将 conda 环境与需求文件进行比较的能力。到目前为止，我发现的唯一提及这一点的是在 2020 年 7 月 16 日合并的 pull request。我可以验证 compare 命令在 conda 版本 4.8.4 中有效。需要注意的是，输出中只列出了差异。

用法：

(ProcMCD43A1) C:\Users\justincase>conda compare environment.yml --json
[
  "argon2-cffi found but mismatch. Specification pkg: argon2-cffi==20.1.0=py37he774522_1, Running pkg: argon2-cffi==20.1.0=py37h4ab8f01_1",
  "attrs found but mismatch. Specification pkg: attrs==19.3.0=py_0, Running pkg: attrs==20.2.0=pyh9f0ad1d_0",
  "backcall found but mismatch. Specification pkg: backcall==0.2.0=py_0, Running pkg: backcall==0.2.0=pyh9f0ad1d_0",
  "bleach found but mismatch. Specification pkg: bleach==3.1.5=py_0, Running pkg: bleach==3.2.0=pyh9f0ad1d_0",
  "brotlipy found but mismatch. Specification pkg: brotlipy==0.7.0=py37he774522_1000, Running pkg: brotlipy==0.7.0=py37h4ab8f01_1000",
  "bzip2 found but mismatch. Specification pkg: bzip2==1.0.8=he774522_0, Running pkg: bzip2==1.0.8=he774522_3",
  "cffi found but mismatch. Specification pkg: cffi==1.14.0=py37h7a1dbc1_0, Running pkg: cffi==1.14.3=py37h26f1ce3_0",
  "cfitsio found but mismatch. Specification pkg: cfitsio==3.470=he774522_5, Running pkg: cfitsio==3.470=hbbe6aef_6",
  "cftime found but mismatch. Specification pkg: cftime==1.2.1=py37h2a96729_0, Running pkg: cftime==1.2.1=py37h44b1f71_0",
  "chardet found but mismatch. Specification pkg: chardet==3.0.4=py37_1003, Running pkg: chardet==3.0.4=py37hc8dfbb8_1006",
  "click not found",
  "click-plugins not found",
  "cligj not found",
  "cryptography found but mismatch. Specification pkg: cryptography==2.9.2=py37h7a1dbc1_0, Running pkg: cryptography==3.1=py37h26f1ce3_0",
  "curl found but mismatch. Specification pkg: curl==7.67.0=h2a8f88b_0, Running pkg: curl==7.71.1=h4b64cdc_5",
  "cycler found but mismatch. Specification pkg: cycler==0.10.0=py37_0, Running pkg: cycler==0.10.0=py_2",
  "descartes not found",
  "entrypoints found but mismatch. Specification pkg: entrypoints==0.3=py37_0, Running pkg: entrypoints==0.3=py37hc8dfbb8_1001",
  "fiona not found",
  "freexl found but mismatch. Specification pkg: freexl==1.0.5=hfa6e2cd_0, Running pkg: freexl==1.0.5=hd288d7e_1002",
  "gdal found but mismatch. Specification pkg: gdal==3.0.2=py37hdf43c64_0, Running pkg: gdal==3.1.2=py37h6ddc196_1",
  "geopandas not found",
  "geos found but mismatch. Specification pkg: geos==3.8.0=h33f27b4_0, Running pkg: geos==3.8.1=he025d50_0",
  "geotiff found but mismatch. Specification pkg: geotiff==1.5.1=h5770a2b_1, Running pkg: geotiff==1.6.0=h09e6dc1_1",
  "h5py not found",
  "hdf4 found but mismatch. Specification pkg: hdf4==4.2.13=h712560f_2, Running pkg: hdf4==4.2.13=hf8e6fe8_1003",
  "hdf5 found but mismatch. Specification pkg: hdf5==1.10.4=h7ebc959_0, Running pkg: hdf5==1.10.6=nompi_he0bbb20_101",
   ...
]