如何在ggtree的系统发育树的同一标签中应用斜体和普通字体

Posted 2023-02-16

【中文标题】如何在ggtree的系统发育树的同一标签中应用斜体和普通字体

【英文标题】：how to apply both italic and normal fonts in the same label in phylogenetic tree in ggtree

【发布时间】：2020-12-26 12:54:12

【问题描述】：

我想要斜体的 A 和正常的 CBS。 我认为 ggtext 可能有用，但我遇到了错误。 这是一个例子：

tree<-read.tree(text="(A,(B,C));")
labs=c("*A*CBS","B","C")
tree$tip.label<-labs
ggtree(tree)+ geom_tiplab(align=T) + geom_richtext()

error: geom_rich_text requires the following missing aesthetics: label

我也试过

ggtree(tree)+ aes(label=labs)+geom_tiplab(align=T) + geom_richtext()
error: Aesthetics must be either length 1 or the same as the data (5): label

但我需要的富文本在三个提示标签中，而不是所有五个标签（提示和节点） 有谁知道如何添加标签美学（作为提示标签）？

【问题讨论】：

如果您包含一个简单的reproducible example，其中包含可用于测试和验证可能解决方案的示例输入和所需输出，则更容易为您提供帮助。

你想要做的必须作为一个特性添加到 ggtree 包中。 geom_tiplab() 函数需要一个降价选项。

【参考方案1】：

您可以将parse = T 参数与mathematical annotation 结合使用：

library(ggtree)
library(ggtext)
tree<-read.tree(text="(A,(B,C));")
labs=c("paste(italic('A'),'CBS')","B","C")
tree$tip.label<-labs
ggtree(tree)+ geom_tiplab(align=T,parse=T)