制作一个ggplot箱线图，其中每列都是它自己的箱线图

Posted 2023-02-16

【中文标题】制作一个ggplot箱线图，其中每列都是它自己的箱线图

【英文标题】：Making a ggplot boxplot where each column is it's own boxplot

【发布时间】：2021-09-07 03:38:54

【问题描述】：

当使用简单的R boxplot函数时，我可以很容易地将我的数据框直接放入括号中，一个完美的boxplot就出现了，例如：

baseline <- c(0,0,0,0,1)
post_cap <- c(1,5,5,6,11)
qx314 <- c(0,0,0,3,7)
naive_capqx <- data.frame(baseline, post_cap, qx314)
boxplot(naive_capqx)

this is an image of the boxplot made with the simple R boxplot function

但是，我需要让这个箱线图更美观一些，所以我需要使用 ggplot。当我将数据框本身放入时，箱线图无法形成，因为我需要指定我没有的 x、y 和填充坐标。我的 y 坐标是数据框中每个向量的值，我的 x 坐标只是向量的名称。如何使用 ggplot 做到这一点？有没有办法改革我的数据框，以便我可以将其拆分为坐标，或者有没有办法 ggplot 可以读取我的数据？

【参考方案1】：

geom_boxplot 需要 tidy 数据。您的数据不整洁，因为列名包含信息。所以首先要做的就是使用pivot_longer整理你的数据...

library(tidyverse)

naive_capqx %>%  
  pivot_longer(everything(), values_to="Value", names_to="Variable") %>% 
  ggplot() +
  geom_boxplot(aes(x=Variable, y=Value))

给予

【讨论】：

嗨，我尝试使用此代码，但我的 R 无法破译 %>%。这是一个我可能没有加载的单独包吗？

%>% 是 magrittr 包的一部分，该包包含在 tidyverse 元包中。我的代码是 MWE，应该按原样运行。如果您愿意，可以通过将naive_capqx %>% pivot_longer(everything()... 替换为pivot_longer(naive_capqx, everything()... 来避免使用%>%。请注意，@RebeccaAmodeo 的解决方案虽然正确，但使用了 gather()，它已被 pivot_XXXX 函数取代。

【参考方案2】：

将 df 转换为长格式 df。下面，我使用gather() 来加长df；我使用group_by() 确保通过键（以前的列名）计算箱线图。

pacman::p_load(ggplot2, tidyverse)

baseline <- c(0,0,0,0,1)
post_cap <- c(1,5,5,6,11)
qx314 <- c(0,0,0,3,7)

naive_capqx <- data.frame(baseline, post_cap, qx314) %>%
  gather("key", "value")) %>%
  group_by(key)
  

ggplot(naive_capqx, mapping = aes(x = key, y = value)) +
  geom_boxplot()

【讨论】：

嗨，对不起，%>% 是什么意思？我的 R 听不懂！

嗨@NuritEliana，感谢您的提问！它是一种称为“管道”的运算符。它发送之前的任何内容（在其左侧）并将其发送到下一个命令。它消除了在其后的命令中输入 data 参数的需要，因为 R 将知道管道之前的对象是您想要用作 data 参数的对象。我认为这就像对 R 说“然后”。它最初位于magrittr 包中，并包含在dplyr 和tidyverse 包以及R 4.1 中。它节省了很多打字！一个video。希望有帮助！