ggpubr：在标签中显示显着性水平（*** 或 n.s.）而不是 p 值

Posted 2023-02-16

【中文标题】ggpubr：在标签中显示显着性水平（*** 或 n.s.）而不是 p 值

【英文标题】：ggpubr: Show significance levels (*** or n.s.) instead of p-value in the label

【发布时间】：2019-05-05 19:39:39

【问题描述】：

我想在我的线性回归中使用 R 中的ggpubr 将显着性水平（*** 或n.s.）显示为标签。这似乎是通过使用aes(label = ..p.signif..) 来完成的，如下所示：https://www.r-bloggers.com/add-p-values-and-significance-levels-to-ggplots/

但是，当我在stat_cor(aes(label = paste(..rr.label.., ..p.label.., sep = "~,~")) 中将..p.label.. 替换为..p.signif.. 时，即。 stat_cor(aes(label = paste(..rr.label.., ..p.signif.., sep = "~,~"))` 我的情节没有任何变化，只是我得到一个错误：

Error in paste(rr.label, p.signif, sep = "~`,`~") : 
  object 'p.signif' not found 

请问，我怎样才能绘制星星（*、、*）或 ns。值而不是我的情节上的精确 p 值？非常感谢。

我的虚拟数据：（借自http://www.sthda.com/english/articles/24-ggpubr-publication-ready-plots/78-perfect-scatter-plots-with-correlation-and-marginal-histograms/）

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library(ggpubr)
data("mtcars")
df <- mtcars
df$cyl <- as.factor(df$cyl)

ggscatter(df, x = "wt", y = "mpg",
          add = "reg.line",                         # Add regression line
          conf.int = TRUE,                          # Add confidence interval
          color = "cyl", palette = "jco",           # Color by groups "cyl"
          shape = "cyl"                             # Change point shape by groups "cyl"
)+
  stat_cor(aes(color = cyl,
               label =paste(..rr.label.., ..p.label.., sep = "~`,`~")), # HOW TO CHANGE p.label to show stars???
           label.x = 3)           # Add correlation coefficient

【参考方案1】：

你可以使用cut:

ggscatter(df, x = "wt", y = "mpg",
          add = "reg.line",                         # Add regression line
          conf.int = TRUE,                          # Add confidence interval
          color = "cyl", palette = "jco",           # Color by groups "cyl"
          shape = "cyl"                             # Change point shape by groups "cyl"
)+
  stat_cor(aes(color = cyl,
               label =paste(..rr.label.., cut(..p.., 
                                              breaks = c(-Inf, 0.0001, 0.001, 0.01, 0.05, Inf),
                                              labels = c("'****'", "'***'", "'**'", "'*'", "'ns'")), 
                            sep = "~")), 
           label.x = 3)   

不用说，显示 p 值（或者甚至更好的是置信区间）要好得多。

【讨论】：

非常感谢@Roland。但是，当我运行您的解决方案时，我返回错误：Error in levels(*tmp*, value = if (nl == nL) as.character(labels) else paste0(labels, : factor level [3] is duplicated 你知道为什么会发生此错误吗？