使用 JULIA RCall 包将 NA 传递给 R

Posted 2023-02-16

【中文标题】使用 JULIA RCall 包将 NA 传递给 R

【英文标题】：Passing NA to R using JULIA RCall package

【发布时间】：2020-08-09 09:31:31

【问题描述】：

我在将数组中的 NA 传递给 R 用于 imputeTS 包时遇到了一些问题。

假设我有这个数组：

a = Any[1, 2, 3, NaN, 5]

我想把它传递给这个：

R"""
b <- na_seadec($a, algorithm = "kalman", find_frequency = TRUE, maxgap = Inf)
"""

NaN 不会自动转换为 NA。如何将 NA 值准确传递给 RCall？

【参考方案1】：

NaN 在 Julia 中将是 NaN 在 R 中。 如果你想在 R 中使用 NA，你应该在 Julia 中使用 missing：

julia> x = [1, 2, NaN]
3-element ArrayFloat64,1:
   1.0
   2.0
 NaN

julia> y = [1, 2, missing]
3-element ArrayUnionMissing, Int64,1:
 1
 2
  missing

julia> R"$x"
RObjectRealSxp
[1]   1   2 NaN


julia> R"$y"
RObjectIntSxp
[1]  1  2 NA

您可以在 Julia 手册的this section 中找到详细信息。

这是一个示例会话：

julia> R"library(imputeTS)"
RObjectStrSxp
[1] "imputeTS"  "stats"     "graphics"  "grDevices" "utils"     "datasets"
[7] "methods"   "base"


julia> a = [1,2,3,missing,5]
5-element ArrayUnionMissing, Int64,1:
 1
 2
 3
  missing
 5

julia> R"""
       b <- na_seadec($a, algorithm = "kalman", find_frequency = TRUE, maxgap = Inf)
       """
┌ Warning: RCall.jl: Warning in na_seadec(`#JL`$a, algorithm = "kalman", find_frequency = TRUE,  :
│   No seasonality information for dataset could be found, going on without decomposition.
│               Setting find_frequency=TRUE might be an option.
└ @ RCall ~/.julia/packages/RCall/g7dhB/src/io.jl:113
RObjectRealSxp
[1] 1 2 3 4 5

【讨论】：

我想我找到了问题所在。 R 有一个方法 as.numeric() 我不知道它在 Julia 中的等价物。问题是：我没有静态定义“a”，我必须将它定义为一个空数组并将值推送给它。可能问题在于如何定义“a”数组。在推送所有值后，我尝试将其转换为 Float64，但由于它包含缺失，因此出现错误。现在呢？

可能使用例如collect(UnionFloat64, Missing, a) 应该给你你想要的，但我需要一个完整的代码来肯定地说（这与这个问题是分开的 - 所以如果我写的东西不能解决你的问题，也许只是发布另一个具体的问题转换问题）。

好的！！！最终我找到了答案：convert(ArrayUnionMissing, Float64, a)。我认为这绝对等同于 as.numeric()。感谢您的大力帮助！

convert 几乎相同，但正如我所建议的那样，相当于collect。不同之处在于collect 将始终进行复制（如R 中的as.numeric），而convert 将不会复制如果a 已经有eltype 等于UnionMissing, Float64。