当我将数组值用作 bash 脚本中位置参数的输入时，我丢失了数组值

Posted 2023-02-23

【中文标题】当我将数组值用作 bash 脚本中位置参数的输入时，我丢失了数组值

【英文标题】：I lose my array values when I use it as input for a positional parameter in bash script

【发布时间】：2021-10-31 05:00:58

【问题描述】：

我编写了以下脚本：

cat BaseReCall.sh
#!/bin/bash

#### Usage: < input > < ref > < (array of dbsnps) >

input=$1
ref=$2
Pickle=$3

echo "$Pickle[@]"
### Assign variables
BaseReCall="gatk BaseRecalibrator \\
   -I $input \\
   -R $ref \\
   -O recal_table "
dir=$(dirname $input)
log=$dir/BaseReCall.out

string=()
## Store array values in string
for i in "$Pickle[@]";do
  site=$(echo " --known-sites $i")
  string+=$site

done

printf "$BaseReCall$string[@]\n" #>> $log

这个想法是允许我使用数组输入多个 dbsnp 值作为 Pickle。如果我输入 bash，数组看起来很好。

Pickle=(dbSnp gold_standard_indels)
printf "$Pickle[@]\n"
dbSnp gold_standard_indels

当我将它输入到我的函数中时，我没有得到两个 dbsnps。只有第一个。

sh BaseRecall.sh input ref "$Pickle[@]"
dbSnp
gatk BaseRecalibrator \
   -I input \
   -R ref \
   -O recal_table  --known-sites dbSnp

作为健全性检查，我也尝试在脚本之外运行循环。

string=()
## Store array values in string
for i in "$Pickle[@]";do
>  site=$(echo " --known-sites $i")
>  string+=$site

> done
printf "$BaseReCall$string[@]\n" #>> $log
gatk BaseRecalibrator    -I     -R     -O recal_table --known-sites dbSnp --known-sites gold_standard_indels

它返回了我一直想要的东西。发生这种情况是因为它被作为位置参数输入吗？有没有办法让我为此 Pickle 参数输入多个值？

【问题讨论】：

不要将参数列表存储为字符串。参数列表应该存储为 arrays 本身。

而printf "$Pickle[@]\n" 是错误的。只有printf 的first 参数是格式字符串；随后的参数是用于填写该格式字符串的数据。

printf '%s\n' "$Pickle[@]" 是您打印数组每行一项的方式。

另外，当您展开一个数组时，它会为每个条目创建一个参数。所以$3 不包含你的整个数组，它只包含第一个元素；第二个进入$4，第三个进入$5，等等。这不是错误，它是按设计运行的。您应该 shift 参数列表中的前两项，因此 "$@" 就是您的数组，如果您希望在脚本参数列表的第三个位置传递一个数组。

【参考方案1】：

感谢 cmets 中提出的一些观点，我已经解决了我遇到的问题。我误解了数组，并通过更改我的脚本从

input=$1
ref=$2
Pickle=$3

到

input=$1
ref=$2
shift 2
Pickle=("$@")

这似乎正在工作。一位评论员还提到使用declare 来获取阵列的状态，这也有很大帮助。非常感谢。