如何在 Python 中实现 itk 图像和 SimpleITK 图像之间的转换？

Posted 2023-02-23

【中文标题】如何在 Python 中实现 itk 图像和 SimpleITK 图像之间的转换？

【英文标题】：How can I implement the conversion between itk image and SimpleITK image in Python?

【发布时间】：2014-01-27 09:17:53

【问题描述】：

我知道如何在C++中实现itk图像和SimpleITK图像之间的转换，这是SimpleITK中的一个例子（Examples/ITKIntegration.cxx）。

  //
  // Extract the itk image from the SimpleITK image
  //
  InternalImageType::Pointer itkImage =
    dynamic_cast <InternalImageType*>( image.GetITKBase() );
  ...
  //
  // Return to the simpleITK setting by making a SimpleITK image using the
  // output of the blur filter.
  //
  sitk::Image blurredImage = sitk::Image( blurFilter->GetOutput() );

但是在 Python 中，当我使用其中 itkImage 是 itkImage 的“sitk.Image(itkImage)”时，出现错误“this = _SimpleITK.new_Image(*args) NotImplementedError: 重载函数“new_Image”的参数数量或类型错误。而在 python 中，不可能在 C++ 中转换类型如“dynamic_cast”。

对此有一种可能的解决方案，即使用 PyBuffer 将 itkImage 转换为 numpy 数组，然后使用 SimpleITK 将数组最终转换为 SimpleITK 图像。但我未能构建 itkPyBuffer。而且我认为这种方法并不能直接解决这个问题。

你能帮我把 C++ 代码转换成可用的 python 代码吗？谢谢。

【参考方案1】：

这是 ITK 和 SimpleITK 图像之间的转换器： https://github.com/gregpost/itk-SimpleITK-Converter

【讨论】：

虽然这似乎是一个有效的答案，但您应该提供更多信息，了解这些信息如何为该问题提供重要的解决方案。请尝试改进您的答案。

请为任何链接添加上下文，以便您的答案是独立的，这意味着答案需要在答案本身中。见"Provide context for links"。如果您可以在此处用自己的话回答问题并仅作为参考链接，那将是更可取的。请注意，此帖子可能会被删除。它是如何使用的？展示它如何回答问题。

【参考方案2】：

我可以复制 SimpleITK 图像无法在 Python 中从 itk 图像实例化。我没有找到绕过 PyBuffer 的方法，所以你可能不得不编译。以下是一个可能对您有所帮助的小错误的描述：https://pypi.python.org/pypi/MedPy/0.1.0

【讨论】：

感谢您的回答。我避免通过将所有关于 itk 的文件从名为 DeVIDE(ohloh.net/p/DeVIDE) 的软件复制到 python itk 目录来进行编译，因为 DeVIDE 中的 itk 具有“PyBuffer”并且 DeVIDE 本身很容易安装。我的解决方案听起来很奇怪，但确实有效。