bwa 示例的 bash 循环中的多个变量

Posted 2023-02-22

【中文标题】bwa 示例的 bash 循环中的多个变量

【英文标题】：multiple variables in bash loop for bwa sampe

【发布时间】：2019-11-25 04:17:05

【问题描述】：

我正在尝试在 bwa 程序（bwa 样本）中处理具有匹配前缀和不同文件类型的多个输入文件，这是一般结构：

bwa sampe /Users/xxx/Desktop/Index_align/GRCh37_latest_genomic.fna H2_S16_L001_read1.sai H2_S16_L001_read2.sai \
H2_S16_L001_R1_001.fastq.gz H2_S16_L001_R2_001.fastq.gz > aln_H2_S16_L001.sam

我在当前目录中有所有 .sai 和 fastq.gz 文件，我正在尝试创建一个循环，如下所示：

for i in /Users/xxx/Desktop/Index_align/Fastq/fastq_run4/; do
    bwa sampe /Users/xxx/Desktop/Index_align/GRCh37_latest_genomic.fna \
    $i\-read1.sai $i\-read2.sai $i\-R1_001.fastq.gz $i\-R2_001.fastq.gz > $i\-aln.sam;
done

有人对我缺少的东西有什么建议吗？就像我可能需要创建一个前缀文件名列表？我将不胜感激任何建议。谢谢！

ETA：我尝试​​制作每个前缀文件的读取列表并运行：

for i in $(cat read1_list | sed s'/\-R1_001.fastq.gz//'); do 
    bwa sampe /Users/katherinenoble/Desktop/Index_align/GRCh37_latest_genomic.fna \
    $i\-read1.sai $i\-read2.sai $i\-R1_001.fastq.gz $i\-R2_001.fastq.gz | samtools view -bS - >  $i\.bam;
done

但这本质上只是制作完整文件标题前缀的文件。

【问题讨论】：

你的问题是什么？你有什么错误吗？你想达到什么目的？

谢谢，是的，它确实按照我写的方式抛出了一个错误。我正在尝试编写一个小循环来为多个文件执行 bwa sampe 命令（可以说是 A 到 Z）。由于它需要 A_read1.sai A_read2.sai A_R1.fastq.gz 和 A_r2.fastq.gz ，我想我需要先列出 A-Z？但基本上，我正在努力制作循环。并感谢您的回复！

【参考方案1】：

您可以创建一个生成所需前缀的 for 循环。如果文件范围从H0_S00_L000 到H2_S16_L003，您可以使用下面的循环。请注意，您必须检查每个文件是否真的存在。

for prefix in H0..9_S00..16_L000..003; do
    echo $prefix;
done

如果您想使用以 4 个为一组的现有文件，您可以使用以下循环。它查找当前目录中的每个文件。前缀被定义为直到_fast 或_read 之前的所有内容。然后它对集合进行排序并删除双精度，如果没有找到其中的 4 个，则继续删除前缀。

while read -r prefix; do 
    echo $prefix;
done < <(find \
    | sed -r 's/(.*)_(fast|read).*/\1/' \
    | sort | uniq -c \
    | sed -r 's/[ ]*4 (.*)$/\1/; /^ /d')