如何在没有 X11 的服务器上运行 R，并避免损坏的依赖关系

Posted 2023-02-22

【中文标题】如何在没有 X11 的服务器上运行 R，并避免损坏的依赖关系

【英文标题】：How to run R on a server without X11, and avoid broken dependencies

【发布时间】：2009-11-10 20:10:25

【问题描述】：

我在一个大型 EC2 Ubuntu 实例上运行 R 2.9，加载了 RAM，但没有终端。当我加载具有显示依赖项的库时，例如 sqldf 包，我收到以下错误：

library(sqldf)
...
Loading required package: tcltk
Loading Tcl/Tk interface ... Error in fun(...) : couldn't connect to display "localhost:11.0"
Error : .onLoad failed in 'loadNamespace' for 'tcltk'
Error: package 'tcltk' could not be loaded

这似乎是一个普遍的问题，我想知道其他人是如何解决的。安装 X11 服务器不是理想的解决方案。

【参考方案1】：

使用虚拟帧缓冲 X11 服务器——我们在无头 chroot 中构建需要 X11 的包以用于 R 构建。以例如来自 rggobi 的 Build-Depends 部分：

xvfb xauth xfonts-base

安装这些后，您可以使用xvfb-run 命令。如果您通过例如启动 R

xvfb-run R --no-save

您现在应该能够使用需要 X11 的例程和命令，例如一些绘图设备，或 tcl/tk 初始化也坚持使用 X11。

同样的技巧对 Web 服务器很有用。

【参考方案2】：

如果您可以控制服务器并且可以运行 xvfb，那么 Dirk 的建议确实很有效。 如果没有，请继续阅读...

在较新版本的 R（>= 2.10 及可能更早版本）中，这不再是错误，而是警告：

> library(tcltk)
Loading Tcl/Tk interface ... done
Warning message:
In fun(libname, pkgname) : no DISPLAY variable so Tk is not available

您现在可以通过以下方式抑制此警告以及随后的包加载消息：

> suppressPackageStartupMessages(suppressWarnings(library(tcltk)))

由于加载依赖于tcltk 的包，例如qvalue，您经常会看到此消息；如果您在静默操作之后，您应该先静默加载 tcltk，然后再加载感兴趣的包：

> suppressPackageStartupMessages(suppressWarnings(library(tcltk)))
> library(qvalue)

标记

因：http://dev.list.galaxyproject.org/wrapping-qvalue-in-Galaxy-td4655164.html而复活