将 PCA 预处理参数传递给 train()

Posted 2023-02-16

【中文标题】将 PCA 预处理参数传递给 train()

【英文标题】：Pass PCA preprocessing arguments to train()

【发布时间】：2015-06-19 18:17:22

【问题描述】：

我正在尝试使用 PCA 作为预处理在插入符号中构建预测模型。预处理如下：

preProc <- preProcess(IL_train[,-1], method="pca", thresh = 0.8)

是否可以将thresh 参数直接传递给插入符号的train() 函数？我尝试了以下方法，但它不起作用：

modelFit_pp <- train(IL_train$diagnosis ~ . , preProcess="pca",
                            thresh= 0.8, method="glm", data=IL_train)

如果没有，我如何将单独的 preProc 结果传递给 train() 函数？

【问题讨论】：

这是一个很好的问题。谢谢你的提问。

【参考方案1】：

根据文档，您可以使用 trainControl 指定其他预处理参数

?trainControl

...
preProcOptions  

A list of options to pass to preProcess. The type of pre-processing 
(e.g. center, scaling etc) is passed in via the preProc option in train.
...

由于您的数据集不可重现，我们来看一个示例。我将使用来自mlbench 的Sonar 数据集并使用pls 算法只是为了好玩。

library(caret)
library(mlbench)

data(Sonar)

ctrl <- trainControl(preProcOptions = list(thresh = 0.95))

mod <- train(Class ~ ., 
             data = Sonar, 
              method = "pls",
              trControl = ctrl)

虽然文档不是最令人兴奋的阅读，但一定要确保尝试阅读它。包作者努力创建文档，其中有许多奇迹。

【讨论】：

正是我想要的。