eigen_centralityigraph 崩溃 R

Posted 2023-02-22

【中文标题】eigen_centralityigraph 崩溃 R

【英文标题】：eigen_centralityigraph crashes Reigen_centralityigraph 崩溃 R

【发布时间】：2017-05-20 11:41:02

【问题描述】：

我正在尝试使用eigen_centralityigraph 来计算网络中节点的特征向量中心性分数。但是，每次我运行命令时，Rstudio 都会崩溃。我也用普通的R 试过这个，但它也崩溃了。

我使用的是 Windows 10。我已经尝试重新安装库但没有成功。

library(igraph)

# sample graph
  g <- sample_gnp(10, 2/10); E(g)$weight <- runif(ecount(g))

# get eigen centrality
  eigen <- eigen_centrality(g, directed = T, weights = E(g)$weight, scale = T)

当我使用库文档中提供的示例时，它也会崩溃

# Generate some test data
  g <- make_ring(10, directed=FALSE)

# Compute eigenvector centrality scores
  eigen_centrality(g)

附加信息：

我在 mac os 上遇到了同样的问题，想提出这个问题。我还删除并重新安装了igraph，但运气不佳。

$ R
R> library(igraph)
R> #Generate some test data
R> g <- make_ring(10, directed=FALSE)
R> #Compute eigenvector centrality scores
R> eigen_centrality(g)
Fortran runtime error: Insufficient number of elements in TARRAY.
$
$ echo $?
2
$
$ R
R> library(igraph)
R> sessionInfo()
R version 3.4.2 (2017-09-28)
Platform: x86_64-apple-darwin13.4.0 (64-bit)
Running under: macOS High Sierra 10.13.4

Matrix products: default
BLAS: /System/Library/Frameworks/Accelerate.framework/Versions/A/Frameworks/vecLib.framework/Versions/A/libBLAS.dylib
LAPACK: /System/Library/Frameworks/Accelerate.framework/Versions/A/Frameworks/vecLib.framework/Versions/A/libLAPACK.dylib

locale:
[1] en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/C/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other attached packages:
[1] igraph_1.2.2

loaded via a namespace (and not attached):
[1] compiler_3.4.2  magrittr_1.5    pkgconfig_2.0.2
R> R.version
               _                           
platform       x86_64-apple-darwin13.4.0   
arch           x86_64                      
os             darwin13.4.0                
system         x86_64, darwin13.4.0        
status                                     
major          3                           
minor          4.2                         
year           2017                        
month          09                          
day            28                          
svn rev        73368                       
language       R                           
version.string R version 3.4.2 (2017-09-28)
nickname       Short Summer                
R> 

【问题讨论】：

我今天再次使用了该代码（20200315），它工作正常。似乎igraph 的一些更新已经解决了这个问题，所以我要结束这个问题了

【参考方案1】：

它在我的 4GB 电脑上的窗口 8 上运行良好。显示以下输出 eigen_centrality(g)

     $vector
         [1] 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
    
    $value
    [1] 2
    
    $options
    $options$bmat
    [1] "I"
    
    $options$n
    [1] 10
    
    $options$which
    [1] "LA"
    
    $options$nev
    [1] 1
    
    $options$tol
    [1] 0
    
    $options$ncv
    [1] 0
    
    $options$ldv
    [1] 0
    
    $options$ishift
    [1] 1
    
    $options$maxiter
    [1] 1000
    
    $options$nb
    [1] 1
    
    $options$mode
    [1] 1
    
    $options$start
    [1] 1
    
    $options$sigma
    [1] 0
    
    $options$sigmai
    [1] 0
    
    $options$info
    [1] 0
    
    $options$iter
    [1] 5
    
    $options$nconv
    [1] 1
    
    $options$numop
    [1] 17
    
    $options$numopb
    [1] 0
    
    $options$numreo
    [1] 14

使用以下命令检查分配给 R 的内存：memory.limit()。

【讨论】：

感谢@Alex，但我认为这不是内存问题。命令 memory.limit() 返回 16298 (16GB) 并且它仍然崩溃