R中的MemoryError而read.xlsx

Posted 2023-02-21

【中文标题】R中的MemoryError而read.xlsx

【英文标题】：MemoryError in R while read.xlsx

【发布时间】：2012-09-19 11:32:41

【问题描述】：

我正在使用以下 R 代码（也使用 Java 参数来增加内存）：

library(xlsx)
options(java.parameters = "-Xmx1g")
library(XLConnect)
NiVe <- read.xlsx("version1.xlsx",1)

version1.xlsx 文件大小为 13 MB。我收到以下错误：

Error in .jcall("RJavaTools", "Ljava/lang/Object;", "invokeMethod", cl,  : 
  java.lang.OutOfMemoryError: Java heap space

有人可以帮忙吗？

【问题讨论】：

就是因为这个问题，我放弃了xlsx这个包，搬到了readxl，也就是faster

【参考方案1】：

尝试增加java堆大小（足够），使用：

options(java.parameters = "-Xmx1000m")

如果您使用的是 32 位 R，请确保您也使用 32 位 Java 和 如果您使用 64 位 R，请确保您也在使用 64 位 Java。如果 您会收到一条 Java 堆空间消息，指示它内存不足 见this post。

this thread 可以帮助你，使用垃圾收集。

参考：exchanging_data_between_r_and_ms_windows_apps_excel_etcstats-rosuda-devel_001621

【讨论】：

If you are using 32 bit R make sure you are also using 32 bit Java and if you re using 64 bit R make sure you are also using 64 bit Java。如何检查这个？

【参考方案2】：

您应该确保在初始化任何 JVM 之前设置 Java 参数，即在加载 XLConnect 或 xlsx 包之前。请注意，在您的情况下，您使用的是 read.xlsx 函数，它不是 XLConnect 函数，因此不需要 XLConnect 包。 XLConnect 替代方案是函数 readWorksheetFromFile。

【讨论】：

知道为什么打开 Excel 文件需要这么多内存吗？我必须将限制设置为 2 GB 才能打开 23 MB 的文件。

我和@rrs 在一起，只是在获得 25GB 内存来写入 15MB 文件后，Java 吓坏了......

【参考方案3】：

试试这个：- 可能这可以工作。它对我有用

1) 下载 xlsx 文件时，使用这个 download.file(fileURL, destfile="./whatever", mode="wb")

2) 切换到常规 R，而不是 R Studio，