将 Scanpy 小提琴图并排绘制的问题
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【中文标题】将 Scanpy 小提琴图并排绘制的问题【英文标题】：Problem Plotting Scanpy Violin Plots Next to One Another 【发布时间】：2021-02-25 02:50:23 【问题描述】：我正在使用 scanpy 分析一些数据，我正在尝试将 3 个小提琴图彼此相邻绘制，但我似乎无法让它工作。我尝试了几种不同的方式使用子图，但他们不断得到空白图表，它们之间有小提琴图。我尝试了几种不同的策略，但似乎无法让它们在 1x3 网格中彼此相邻。下面是我的最新尝试以及部分情节，其中显示了一个堆叠在小提琴情节之上的空情节。
plt.figure()
plt.subplot(1,3,1)
sc.pl.violin(visium, keys = 'n_genes_by_counts')
plt.subplot(1,3,2)
sc.pl.violin(visium, keys = 'total_counts')
plt.subplot(1,3,3)
sc.pl.violin(visium, keys = 'pct_counts_mt')
样本
【问题讨论】：
【参考方案1】：尝试设置multi_panel = True
像这样：
sc.pl.violin(visium, ['n_genes_by_counts','total_counts','pct_counts_mt'],
jitter=0.3, multi_panel=True)
【讨论】：
【参考方案2】：在sc.pl.violin 中使用标志multi_panel = True 或ax 标志：
plt.figure()
ax1 = plt.subplot(1,3,1)
sc.pl.violin(visium, keys = 'n_genes_by_counts', ax = ax1)
ax2 = plt.subplot(1,3,2)
sc.pl.violin(visium, keys = 'total_counts', ax = ax2)
ax3 = plt.subplot(1,3,3)
sc.pl.violin(visium, keys = 'pct_counts_mt', ax = ax3)
【讨论】：
以上是关于将 Scanpy 小提琴图并排绘制的问题的主要内容，如果未能解决你的问题，请参考以下文章